Superkomputer KDM: Zastosowania

Wstępną wzajemną orientację protein transmembranowych i interesujących nas molekuł o znaczeniu biologicznym zamierzamy wyznaczyć metodą dokowania molekularnego. W tym celu zamierzamy wykorzystać oprogramowanie AutoDock Vina, Yasara i Rosetta. Symulacje te podzielmy na dwa etapy: dokowanie ligandu do proteiny w środowisku bezwodnym (lub z zastosowaniem metody implicit solvent) oraz uszczegóławiające symulacje dokowania do fragmentów proteiny wyznaczonych we wcześniejszym etapie z uwzględnieniem rozpuszczalnika. Po ustaleniu wstępnej wzajemnej orientacji ligandu i proteiny zamierzamy przeprowadzić dodatkową serię symulacji metodą dynamiki molekularnej (MD), które pozwolą zweryfikować poprawność konfiguracji uzyskanych metodą dokowania a także powinny pozwolić na oszacowanie trwałości i stabilności tak powstałej struktury. Dodatkowe symulacje MD pozwolą również wytypować wiązania wodorowe decydujące o trwałości kompleksów proteina - ligand a także pozwolą wstępnie sprawdzić, czy różnego typu jony (wapń, magnez, sód, chlor) mają znaczący wpływ na tworzenie tych kompleksów. Symulacje MD zamierzamy przeprowadzić przy użyciu oprogamowania NAMD.