Rozszerzenie stosowalności gruboziarnistego pola siłowego UNICORN o najistotniejsze komponenty komórkowe

Kierownik projektu: Łukasz Dziadek

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Streszczenie projektu

Badania mają na celu dalsze rozszerzenie rodziny modeli opartych na fizyce UNIfied COarse gRaiNed (UNICORN) opisujących białka, kwasy nukleinowe, polisacharydy i lipidy przez wyprowadzenie potencjałów oddziaływań między składowymi tego pola siłowego, a mianowicie: kwasy nukleinowe-lipidy, kwasy nukleinowe - jony, kwas nukleinowy - woda w postaci jawnej, kwasy nukleinowe - cukry, cukry - jony, cukry - woda, cukry - lipidy i lipidy - woda. Co więcej, nowe pole siłowe będzie umożliwiają nam badanie receptorów sprzężonych z białkiem G (GPCR) w długich skalach czasowych po wiązaniu liganda. Pole siłowe zostanie utworzone w dwóch wariantach, z jawnym lub niejawnym rozpuszczalnikiem. Parametry zostaną wyprowadzone z dopasowanych funkcji do otrzymanych potencjałów średniej siły (PMF) z symulacji AA MD lub obliczeń PM7 systemów modelowych. Po wdrożeniu parametrów, będą one zoptymalizowane przy użyciu metody największej wiarygodności, a następnie zastosowane w systemach o znaczeniu biologicznym, takich jak jako wirus lub zespół kapsydu.


← Powrót do spisu projektów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.