Przewidywanie entalpii swobodnej oddziaływania pochodnych aromatycznych kwasów karboksylowych z cyklofiliną A

Kierownik projektu: Rajmund Kaźmierkiewicz

Realizatorzy:

  • Łukasz Radziński

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Data otwarcia: 2017-06-13

Streszczenie projektu

Interakcja liganda z enzymem lub receptorem jest jednym z głównych zagadnień badanych podczas projektowania nowych leków. Obecny rozwój w zakresie chemii obliczeniowej pozwala na coraz dokładniejsze przewidywanie oddziaływań między ligandem a białkiem za pomocą komputerów. Jest to bardzo pomocne, gdyż wyniki symulacji pozwalają na lepsze zaplanowanie kolejnych badań laboratoryjnych czy klinicznych. Celem projektu jest zbadanie oddziaływań między cyklofiliną A a potencjalnym inhibitorem (ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate), kod w bazie PDB 3RDD. Cyklofilina A to białko odpowiedzialne za izomeryzację cis/trans reszt prolinowych w peptydzie. Proces ten jest istotny podczas indukcji wzmożonej odpowiedzi immunologicznej np. przy odrzucaniu przeszczepu. Udowodniono również, że proces izomeryzacji cis/trans reszty prolinowej pewnych białek wirusowych jest konieczny do zajścia cyklu życiowego niektórych wirusów (HCV, HIV). Inhibitory cyklofiliny A mogą więc być wykorzystywane podczas terapii mających na celu wyciszenie reakcji immunologicznej lub podczas leczenia antywirusowego. Obecnie istniejące inhibitory cyklofiliny A - pochodne cyklosporyny A i sangliferyny A posiadają wiele wad, takich jak skutki uboczne podczas stosowania, interakcje z innymi lekami, trudności produkcyjne, duży rozmiar cząsteczki. Z tego powodu ważne jest, by poszukiwać nowych inhibitorów, bardziej skutecznych i z mniejszą ilością wad. Prowadzone są w tym celu badania i są już określone pewne związki o potencjalnym znaczeniu inhibitora. W tym projekcie celem jest zbadanie oddziaływań pomiędzy cyklofiliną A a potencjalnym inhibitorem (ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate) za pomocą obliczenia entalpii swobodnej przyłączenia liganda do enzymu. Oprogramowanie używane w projekcie zawiera się w pakiecie GROMACS 5.1.2. Korzystanie z zasobów obliczeniowych CI TASK jest niezbędne z powodu stosunkowo małej mocy obliczeniowej komputerów dostępnych w pracowni komputerowej MWB. Projekt wymaga większej mocy, gdyż jest konieczne obliczenie wielu stanów energetycznych pomiędzy enzymem a inhibitorem, od układu z pełnymi oddziaływaniami aż po ich brak.

Publikacje

  1. Łukasz Radziński, Nowe leki przciwwirusowe ? pochodne halogenowe N-[(4-aminobenzylo)karbamoilo]glicynianu etylu jako inhibitory cyklofiliny A, praca licencjacka 1, (2018) 1-13
  2. Ewa D. Mizancew, Magdalena Miklaszewska, Antoni Banaś, Rajmund Kaźmierkiewicz, Studies on docking of acyl-CoAs and NADPH to jojoba FAR protein models using Autodock Vina, JMB -, (2021) -


← Powrót do spisu projektów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.