Superkomputer KDM: Zastosowania

W ciągu ostatnich lat dokonał się znaczny postęp w dziedzinie badań struktury GABAAR: w 2014 pojawiła się pierwsza struktura krystalograficzna, a choć na przestrzeni kolejnych lat ukazywały się kolejne, dopiero w 2019 roku uzyskana została struktura heteromeryczna o wysokiej rozdzielczości pokrywając całość ECD i TMD. Umożliwiło to skierowanie badań receptora w stronę bardziej złożonych i specyficznych analiz jego struktury, szczególnie za pomocą technik obliczeniowych. W warunkach fizjologicznych, jak i patologicznych, receptor może ulegać modulacji przez poziom pH. Molekularne mechanizmy tego procesu były już badane, jednak do tej pory nie powstała spójna teoria kompleksowo opisująca to zjawisko. W ramach projektu chcę przedstawić schemat molekularnych interakcji odpowiadających za wpływ protonów na funkcję białka. Co ciekawe, bakteryjny kanał jonowy GLIC z rodziny pLGIC jest bezpośrednio aktywowany przez niskie pH. Wyniki moich badań posłużą więc również do analizy komparatywnej tych dwóch białek homologicznych. Wyniki obliczeniowe będą walidowane poprzez eksperymenty elektrofizjologiczne prowadzone w Samodzielnej Pracowni Badań Układu Nerwowego na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Będą one elementem realizacji grantów NCN 2018/29/N/NZ1/02834 oraz 2020/36/T/NZ1/00466.