Gruboziarniste modelowanie oddziaływań mikrotubuliny z kinezyną
Identyfikator grantu: PT01210
Kierownik projektu: Agnieszka Lipska
Politechnika Gdańska, CI TASK
Gdańsk
Data otwarcia: 2024-12-18
Planowana data zakończenia grantu: 2027-12-18
Streszczenie projektu
Tematem tego projektu jest badanie oddziaływań pomiędzy fragmentem mikrotubuliny a białkiem motorycznym kinezyną. Rozpatrywane będą różne przypadki mikrotubuliny (z oraz bez C-końca) oraz różne stany związane kinezyny (z ATP, z ADP, lub forma apo). Pojedynczy układ w całości składa się z białek i będzie zawierał ponad 200 000 tysięcy reszt aminowkasowych.
Symulacje dynamiki molekularnej zostaną wykonane za pomocą gruboziarnistego pola siłowego UNRES, który niedawno został zaimplementowany do stosowania na kartach graficznych.
Uzasadnienie: Kinezyna i mikrotubuliny współpracują ze sobą w procesie transportu komórkowego. „Ciężarówki” kinezynowe przyczepiają się do „drogi” mikrotubuliny i poruszają się wzdłuż nich, transportując różne materiały wewnątrz komórki, zapewniając, że odpowiednie składniki dotrą do właściwych miejsc. Zrozumienie sposobu wiązania kinezyny i mikrotubulin jest kluczowe, ponieważ zakłócenia w tym procesie mogą wpływać na wewnętrzną logistykę komórki. Wiązanie to odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia i prawidłowego funkcjonowania komórki.
Symulacje dynamiki molekularnej zostaną wykonane za pomocą gruboziarnistego pola siłowego UNRES, który niedawno został zaimplementowany do stosowania na kartach graficznych.
Uzasadnienie: Kinezyna i mikrotubuliny współpracują ze sobą w procesie transportu komórkowego. „Ciężarówki” kinezynowe przyczepiają się do „drogi” mikrotubuliny i poruszają się wzdłuż nich, transportując różne materiały wewnątrz komórki, zapewniając, że odpowiednie składniki dotrą do właściwych miejsc. Zrozumienie sposobu wiązania kinezyny i mikrotubulin jest kluczowe, ponieważ zakłócenia w tym procesie mogą wpływać na wewnętrzną logistykę komórki. Wiązanie to odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia i prawidłowego funkcjonowania komórki.
Publikacje
- Ocetkiewicz, K., Czaplewski, C., Krawczyk, H., Lipska, A., Liwo, A., Proficz, J., Sieradzan, A. K., & Czarnul, P., ulti-GPU UNRES for scalable coarse-grained simulations of very large protein systems, COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 298, (2024) 109112
- Czaplewski, C., Czarnul, P., Krawczyk, H., Lipska, A., Lubecka, E., Ocetkiewicz, K., Proficz, J., Sieradzan, A., Ślusarz, R., & Liwo, J. , Multi-GPU-powered UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of structure, dynamics, and thermodynamics of protein systems at biological size- and timescales, BIOPHYSICAL JOURNAL 123, (2024) 422a