Gruboziarniste modelowanie oddziaływań mikrotubuliny z kinezyną
Identyfikator grantu: PT01210
Kierownik projektu: Agnieszka Lipska
Politechnika Gdańska, CI TASK
Gdańsk
Data otwarcia: 2024-12-18
Streszczenie projektu
Tematem tego projektu jest badanie oddziaływań pomiędzy fragmentem mikrotubuliny a białkiem motorycznym kinezyną. Rozpatrywane będą różne przypadki mikrotubuliny (z oraz bez C-końca) oraz różne stany związane kinezyny (z ATP, z ADP, lub forma apo). Pojedynczy układ w całości składa się z białek i będzie zawierał ponad 200 000 tysięcy reszt aminowkasowych.
Symulacje dynamiki molekularnej zostaną wykonane za pomocą gruboziarnistego pola siłowego UNRES, który niedawno został zaimplementowany do stosowania na kartach graficznych.
Uzasadnienie: Kinezyna i mikrotubuliny współpracują ze sobą w procesie transportu komórkowego. „Ciężarówki” kinezynowe przyczepiają się do „drogi” mikrotubuliny i poruszają się wzdłuż nich, transportując różne materiały wewnątrz komórki, zapewniając, że odpowiednie składniki dotrą do właściwych miejsc. Zrozumienie sposobu wiązania kinezyny i mikrotubulin jest kluczowe, ponieważ zakłócenia w tym procesie mogą wpływać na wewnętrzną logistykę komórki. Wiązanie to odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia i prawidłowego funkcjonowania komórki.
Symulacje dynamiki molekularnej zostaną wykonane za pomocą gruboziarnistego pola siłowego UNRES, który niedawno został zaimplementowany do stosowania na kartach graficznych.
Uzasadnienie: Kinezyna i mikrotubuliny współpracują ze sobą w procesie transportu komórkowego. „Ciężarówki” kinezynowe przyczepiają się do „drogi” mikrotubuliny i poruszają się wzdłuż nich, transportując różne materiały wewnątrz komórki, zapewniając, że odpowiednie składniki dotrą do właściwych miejsc. Zrozumienie sposobu wiązania kinezyny i mikrotubulin jest kluczowe, ponieważ zakłócenia w tym procesie mogą wpływać na wewnętrzną logistykę komórki. Wiązanie to odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia i prawidłowego funkcjonowania komórki.