Modelowanie oddziaływań protein transmembranowych z wybranymi molekułami o znaczeniu biologicznym

Kierownik projektu: Zbigniew Dendzik

Realizatorzy:

  • Krzysztof Górny
  • Paulina Trybek
  • Agata Wawrzkiewicz-Jałowiecka

Uniwersytet Śląski w Katowicach

Wydział Nauk Ścisłych i Technicznych

Chorzów

Data otwarcia: 2022-04-06

Streszczenie projektu

Wstępną wzajemną orientację protein transmembranowych i interesujących nas molekuł o znaczeniu biologicznym zamierzamy wyznaczyć metodą dokowania molekularnego. W tym celu zamierzamy wykorzystać oprogramowanie AutoDock Vina, Yasara i Rosetta. Symulacje te podzielmy na dwa etapy: dokowanie ligandu do proteiny w środowisku bezwodnym (lub z zastosowaniem metody implicit solvent) oraz uszczegóławiające symulacje dokowania do fragmentów proteiny wyznaczonych we wcześniejszym etapie z uwzględnieniem rozpuszczalnika. Po ustaleniu wstępnej wzajemnej orientacji ligandu i proteiny zamierzamy przeprowadzić dodatkową serię symulacji metodą dynamiki molekularnej (MD), które pozwolą zweryfikować poprawność konfiguracji uzyskanych metodą dokowania a także powinny pozwolić na oszacowanie trwałości i stabilności tak powstałej struktury. Dodatkowe symulacje MD pozwolą również wytypować wiązania wodorowe decydujące o trwałości kompleksów proteina - ligand a także pozwolą wstępnie sprawdzić, czy różnego typu jony (wapń, magnez, sód, chlor) mają znaczący wpływ na tworzenie tych kompleksów. Symulacje MD zamierzamy przeprowadzić przy użyciu oprogamowania NAMD.


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.