Grant/Projek zakończony
Narodowa Infrastruktura Superkomputerowa dla EuroHPC - EuroHPC PL
Identyfikator grantu: PT00962
Kierownik projektu: Jerzy Proficz
Politechnika Gdańska, CI TASK
Gdańsk
Data otwarcia: 2022-04-06
Data zakończenia: 2024-03-29
Streszczenie projektu
Przedsięwzięcie ma na celu realizację badań naukowych poprzez budowę i udostępnienie polskiej nauce zasobów superkomputerowych umożliwiających przeprowadzanie obliczeń wielkiej skali, wpisujących się bezpośrednio w ramy międzynarodowej inicjatywy EuroHPC – European High-Performance Computing opublikowanej w komunikacie Komisji Europejskiej. Zadaniem CI TASK jest udział w budowie platformy obliczeniowej poprzez udoskonalenie pakietu oprogramowania do symulacji biomolekularnej: UNRES.
Publikacje
- Ocetkiewicz, K., Czaplewski, C., Krawczyk, H., Lipska, A., Liwo, J., Proficz, J., Sieradzan, A., & Czarnul, P., UNRES-GPU for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Protein Systems at Biological Time- and Size-Scales, BIOINFORMATICS 39, (2023) 391
- Sieradzan, A., Sans‐duñó, J., Lubecka, E., Czaplewski, C., Lipska, A., Leszczyński, H., Ocetkiewicz, K., Proficz, J., Czarnul, P., Krawczyk, H., & Liwo, A., Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins, JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 44, (2023) 602-625
- Lipska, A., Sieradzan, A., Czaplewski, C., Lipińska, A. D., Ocetkiewicz, K., Proficz, J., Czarnul, P., Krawczyk, H., & Liwo, A., Long‐time scale simulations of virus‐like particles from three human‐norovirus strains, JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 44, (2023) 1470-1483