Zastosowanie symulacji w gruboziarnistym modelu UNRES do badania przejść konformacyjnych białek

Kierownik projektu: Cezary Czaplewski

Realizatorzy:

  • Artur Giełdoń
  • Iga Biskupek
  • Anna Antoniak

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Data otwarcia: 2022-01-19

Streszczenie projektu

Białka są podstawowym budulcem żywych organizmów, wiedza o strukturze i dynamice białek jest niezbędna do zrozumienia ich funkcji.
Model UNRES jest wysoce uproszczonym modelem gruboziarnistym białek, w którym każdy aminokwas jest reprezentowany tylko przez dwa centra oddziaływań. Pomimo tego uproszczenia pole UNRES jest ściśle oparte na fizyce oddziaływań. Zastosowana w projekcie metoda badania przejść konformacyjnych w białkach wykorzystuje lorentzowską funkcję przełączającej między skrajnymi konformacjami. Przeprowadzone będą symulacje wybranych układów biologicznych o dobrze określonych skrajnych konformacjach: przejście między dwoma formami kinazy adenylowej, otwartą i zamkniętą konformacją chaperonu Hsp70, przejście między różnymi konformacjami białek motorycznych.


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.