Zastosowanie symulacji w gruboziarnistym modelu UNRES do badania przejść konformacyjnych białek

Identyfikator grantu: PT00927

Kierownik projektu: Cezary Czaplewski

Realizatorzy:

  • Artur Giełdoń
  • Iga Biskupek

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Data otwarcia: 2022-01-19

Streszczenie projektu

Białka są podstawowym budulcem żywych organizmów, wiedza o strukturze i dynamice białek jest niezbędna do zrozumienia ich funkcji.
Model UNRES jest wysoce uproszczonym modelem gruboziarnistym białek, w którym każdy aminokwas jest reprezentowany tylko przez dwa centra oddziaływań. Pomimo tego uproszczenia pole UNRES jest ściśle oparte na fizyce oddziaływań. Zastosowana w projekcie metoda badania przejść konformacyjnych w białkach wykorzystuje lorentzowską funkcję przełączającej między skrajnymi konformacjami. Przeprowadzone będą symulacje wybranych układów biologicznych o dobrze określonych skrajnych konformacjach: przejście między dwoma formami kinazy adenylowej, otwartą i zamkniętą konformacją chaperonu Hsp70, przejście między różnymi konformacjami białek motorycznych.


Publikacje

  1. Rafał Ślusarz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski, Józef Adam Liwo , Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions, Frontiers in Molecular Biosciences 9, (2022) 1071428
  2. Adam K Sieradzan, Jordi Sans‐Duñó, Emilia A Lubecka, Cezary Czaplewski, Agnieszka G Lipska, Henryk Leszczyński, Krzysztof M Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo, Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins, Journal of Computational Chemistry 44, (2023) 602-625
  3. Adam Liwo, Maciej Pyrka, Cezary Czaplewski, Xubiao Peng, Antti J Niemi, Long-Time Dynamics of Selected Molecular-Motor Components Using a Physics-Based Coarse-Grained Approach, Biomolecules 13, (2023) 941
  4. Agnieszka G Lipska, Adam K Sieradzan, Cezary Czaplewski, Andrea D Lipińska, Krzysztof M Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo, Long‐time scale simulations of virus‐like particles from three human‐norovirus strains, Journal of Computational Chemistry 44, (2023) 1470-1483
  5. Krzysztof M Ocetkiewicz, Cezary Czaplewski, Henryk Krawczyk, Agnieszka G Lipska, Adam Liwo, Jerzy Proficz, Adam K Sieradzan, Paweł Czarnul, UNRES-GPU for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Protein Systems at Biological Time-and Size-Scales, Bioinformatics 39, (2023) btad391
  6. Luís Borges-Araújo, Ilias Patmanidis, Akhil P Singh, Lucianna HS Santos, Adam K Sieradzan, Stefano Vanni, Cezary Czaplewski, Sergio Pantano, Wataru Shinoda, Luca Monticelli, Adam Liwo, Siewert J Marrink, Paulo CT Souza, Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications, Journal of Chemical Theory and Computation 19, (2023) 7112-7135


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.