Przetwarzanie i opracowywanie danych proteomicznych w celu ich wykorzystania w diagnostyce medycznej

Kierownik projektu: Stanisław Ołdziej

Realizatorzy:

  • Aleksandra Lewandowska

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Data otwarcia: 2021-09-22

Streszczenie projektu

Wprowadzenie: Spektrometria mas jest jedną z obecnie stosowanych w badaniach naukowych metodą do identyfikacji i sekwencjonowania białek, jest też głównym narzędziem w badaniach proteomicznych (poznanie kompozycji białkowej tkanek, komórek czy całych organizmów). Szczególnie istotne jest to, że w ostatnich latach opracowano kilka metod pozwalających nie tylko na identyfikacje poszczególnych białek, ale też na określanie ich stężeń. Rozwój technologii i metod stosowanych w badaniach proteomicznych i związanych z tym redukcja kosztów wykonywania badań, pozwala na potencjalne zastosowanie tego metod w diagnostyce medycznej. W ostatnich latach opracowaliśmy na Międzyuczelnianym Wydziale Biotechnologii UG i GUMed) metodologię pozwalająca na wykonanie pomiarów proteomicznych zarówno jakościowych jak i ilościowych [1] w relatywnie krótkim czasie i po umiarkowanych kosztach jednostkowych, co pozwala na zastosowanie tego rodzaju metodologii do badania próbek klinicznych na skalę masową. Otwiera to możliwości wprowadzenia badań proteomicznych opartych o spektrometrię mas do rutynowych analiz stosowanych w diagnostyce medycznej.
Cel badań: Opracowanie narzędzi i protokołów do przetwarzania i analizy danych proteomicznych otrzymanych z pomiarów na próbkach klinicznych. We współpracy z kilkoma ośrodkami medycznymi krajowymi i zagranicznymi uczestniczymy w realizacji projektów badawczych mających na celu stworzenie nowoczesnych procedur i metod diagnostycznych wspomagających rozpoznanie i leczenie wielu chorób np. niepłodności, nowotworów ślinianek schorzeń związanych z tzw. amyloidozami.
Stosowane narzędzia: Komercyjne pakiety stosowane do podstawowego opracowywania surowych danych pochodzących z pomiarów wykonanych za pomocą spektrometrii mas (ProteinPilot, MaxQuant, Mascot i inne) . Własne oprogramowanie tworzone głównie w języku Python. Planowane prace wymagają przetwarzana i przechowywania znacznych ilości danych, wyniki pojedynczego pomiaru wykonanego za pomocą spektrometrii mas to pliki o rozmiarach 10-100 MB, przy pomiarach z setek i tysięcy próbek (należy uwzględni konieczność wykonywania od trzech do pięciu powtórzeń pomiaru dla każdej próbki) wymagany jest dostęp do odpowiednej przestrzeni do magazynowania danych.
[1] Aleksandra Lewandowska, Katarzyna Macur, Paulina Czaplewska, Joanna Liss, Krzysztof Łukaszuk, Stanislaw Oldziej . Qualitative and quantitative analysis of proteome and peptidome of human follicular fluid using multiple samples from single donor with LC-MS and SWATH methodology. Journal of Proteome Research 2017, 16(8): pp 3053–3067


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.