Nowe metody modelowania receptorów serotoninowych w celu znalezienia nowych kandydatów na leki przeciwpsychotyczne

Kierownik projektu: Bartosz Trzaskowski

Uniwersytet Warszawski

Centrum Nowych Technologii

Warszawa

Data otwarcia: 2021-05-14

Streszczenie projektu

Większość nowych biologicznie aktywnych związków ukierunkowanych na leki przeciwdepresyjne jest albo a) syntetyzowana bez racjonalnego etapu projektowania molekularnego, b) korzysta z metod bioinfomatycznych dopiero po fazie syntezy nowych związków lub c) korzysta z prostych modeli homologicznych receptorów o nieznanej strukturze oraz d) rzadko korzysta z metod bioinformatycznych do badania selektywności poprzez dokowanie nowych związków chemicznych do rodzin receptorów o podobnej budowie. Proponujemy inne podejście, które w oparciu o naszą metodę GEnSeMBLE pozwoli opracować i przeprowadzić walidację modeli wszystkich receptorów serotoninowych 5HT1A - 5HT7. Dzięki temu w procesie projektowania nowych, bardziej wydajnych i selektywnych ligandów oddziałujących z tymi receptorami możliwe będzie sprawdzenie nie tylko powinowactwa liganda do jednego receptora, ale do całej rodziny receptorów serotoninowych, co pozwoli na oszacowanie ich selektywności przed etapem syntezy chemicznej.

Metoda GEnSeMBLE opiera się na kombinacji metod Monte Carlo oraz dynamiki molekularnej i pozwala na na duże zmiany konformacyjne, w tym rotacje całych helis, podczas modelowania receptorów sprzężonych z białkami G, do których m.in. należą receptory serotoninowe.


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.