Rozszerzenie stosowalności gruboziarnistego pola siłowego UNICORN o najistotniejsze komponenty komórkowe

Kierownik projektu: Łukasz Dziadek

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Data otwarcia: 2020-10-07

Streszczenie projektu

Badania mają na celu dalsze rozszerzenie rodziny modeli opartych na fizyce UNIfied COarse gRaiNed (UNICORN) opisujących białka, kwasy nukleinowe, polisacharydy i lipidy przez wyprowadzenie potencjałów oddziaływań między składowymi tego pola siłowego, a mianowicie: kwasy nukleinowe-lipidy, kwasy nukleinowe - jony, kwas nukleinowy - woda w postaci jawnej, kwasy nukleinowe - cukry, cukry - jony, cukry - woda, cukry - lipidy i lipidy - woda. Co więcej, nowe pole siłowe będzie umożliwiają nam badanie receptorów sprzężonych z białkiem G (GPCR) w długich skalach czasowych po wiązaniu liganda. Pole siłowe zostanie utworzone w dwóch wariantach, z jawnym lub niejawnym rozpuszczalnikiem. Parametry zostaną wyprowadzone z dopasowanych funkcji do otrzymanych potencjałów średniej siły (PMF) z symulacji AA MD lub obliczeń PM7 systemów modelowych. Po wdrożeniu parametrów, będą one zoptymalizowane przy użyciu metody największej wiarygodności, a następnie zastosowane w systemach o znaczeniu biologicznym, takich jak jako wirus lub zespół kapsydu.


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.