Supercomputer HPC: Applications

Hodowla komórek uzyskiwana za pomocą wydruku 3D jest uważana za dużo lepszy model nowotworu niż hodowla 2D (na płytce), ale jest to zagadnienie nowe i słabo zbadane. Proponowany projekt dotyczy przeprowadzenia symulacji naprężeń w hodowlach komórkowych uzyskanych przez biowydruk 3D (drukarka BioX, Cellink). Wyniki zostaną skorelowane z badaniami eksperymentalnymi dotyczącymi ekspresji określonych markerów (macierzystości i epitafialności) w zależności od typu hodowli. Wyniki modelowania powinny przyczynić się do wytłumaczenia różnic otrzymywanych eksperymentalnie. Podstawą symulacji będzie trójwymiarowy model komórek wykonany z obrazów konfokalnych hodowli komórkowej.
Modele geometryczne komórek budowane będą stosując program MSC Patran. Analizy numeryczne w zakresie sprężystym i lepkosprężystym wykonywane będą przy pomocy programu Abaqus. Modele uwzględniały będą istnienie i rolę cytoszkieletu. Modele klastrów komórek zanurzone będą w otoczeniu macierzy międzykomórkowej. Model pojedynczej komórki składał się będzie z elementów prętowych (cytoszkielet), powłokowych (membrany) oraz tetrahedralnych (cytoplazmy).