Badanie oddziaływań G-kwadrupleksów DNA z nowymi pochodnymi niesymetrycznych bisakrydyn metodami mechaniki i dynamiki molekularnej
Identyfikator grantu: PT00898
Kierownik projektu: Tomasz Laskowski
Realizatorzy:
- Michał Kosno
Politechnika Gdańska
Wydział Chemiczny
Gdańsk
Data otwarcia: 2021-09-10
Streszczenie projektu
Budowa modeli kwantowochemicznych (gaussian) nowych pochodnych niesymetrycznych bisakrydyn (UAs) o działaniu przeciwnowotworowym, które zostaną następnie wykorzystane do ustalania struktury kompleksów utworzonych pomiędzy odpowiednimi fragmentami G-kwadrupleksowego DNA a odpowiednimi pochodnymi niesymetrycznych bisakrydyn. Struktury będą uzgadniane z wykorzystaniem zaawansowanych metod spektroskopii jądrowego rezonansu magnetycznego (NMR). Następnie zostanie przeprowadzony szereg odpowiednich stymulacji, opartych na więzach odległościowych pochodzących odpowiednich eksperymentów NMR wykorzystujących metody mechaniki i dynamiki molekularnej (gromacs) w celu ustalenia pełnej struktury badanych kompleksów.
Publikacje
- Alicja Trocka, Katarzyna Szwarc-Karabyka, Sławomir Makowiec, Tomasz Laskowski, Application of the 2‑deoxyglucose scafold as a new chiral probe for elucidation of the absolute confguration of secondary alcohols, Scientific Reports 12, (2022) 16838
- Tomasz Laskowski, Michał Kosno, Witold Andrałojć, Julia Borzyszkowska-Bukowska, Paweł Szczeblewski, Nikola Radoń, Maria Świerżewska, Anna Woźny, Ewa Paluszkiewicz, Zofia Mazerska, The interactions of unsymmetrical bisacridines (UAs) with DNA duplexes. Why are the properties of UAs not a simple sum of the features exhibited by the acridine monomers, Scientific Reports -, (2023) -
- Michał Kosno, Witold Andrałojć, Rafał Stojałowski, Julia Borzyszkowska-Bukowska, Ewa Paluszkiewicz, Zofia Mazerska, Tomasz Laskowski, The interactions of Pu22 G-quadruplex, derived from c-Myc protooncogene promoter sequence, with antitumor acridine derivatives – an NMR/MD combined study, Journal of Medicinal Chemistry -, (2023) -