Research and Development: User projects

Większość nowych biologicznie aktywnych związków ukierunkowanych na leki przeciwdepresyjne jest albo a) syntetyzowana bez racjonalnego etapu projektowania molekularnego, b) korzysta z metod bioinfomatycznych dopiero po fazie syntezy nowych związków lub c) korzysta z prostych modeli homologicznych receptorów o nieznanej strukturze oraz d) rzadko korzysta z metod bioinformatycznych do badania selektywności poprzez dokowanie nowych związków chemicznych do rodzin receptorów o podobnej budowie. Proponujemy inne podejście, które w oparciu o naszą metodę GEnSeMBLE pozwoli opracować i przeprowadzić walidację modeli wszystkich receptorów serotoninowych 5HT1A - 5HT7. Dzięki temu w procesie projektowania nowych, bardziej wydajnych i selektywnych ligandów oddziałujących z tymi receptorami możliwe będzie sprawdzenie nie tylko powinowactwa liganda do jednego receptora, ale do całej rodziny receptorów serotoninowych, co pozwoli na oszacowanie ich selektywności przed etapem syntezy chemicznej.

Metoda GEnSeMBLE opiera się na kombinacji metod Monte Carlo oraz dynamiki molekularnej i pozwala na na duże zmiany konformacyjne, w tym rotacje całych helis, podczas modelowania receptorów sprzężonych z białkami G, do których m.in. należą receptory serotoninowe.