Skalowo spójne podejście do modelowania wieloskalowego

Identyfikator grantu: PT00842

Kierownik projektu: Adam Sieradzan

Realizatorzy:

  • Patryk Wesołowski
  • Victoria Bielecki
  • Pamela Smardz
  • Agnieszka Lipska
  • Paweł Krupa
  • Artur Giełdoń
  • Aleksandra Drozd

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Data otwarcia: 2020-10-27

Streszczenie projektu

Celem tego projektu badawczego jest stworzenie nowej metody, która umożliwi symulacje ogromnych układów takich jak np. cały kapsyd wirusa oddziałujący z błoną infekowanej komórki, jednocześnie pozwalając uzyskać szczegółowe informacje o poszczególnych kluczowych atomach zaangażowanych w proces penetracji.
Projekt składa się z 4 etapów. Pierwszy to stworzenie metody do symulacji najważniejszych składowych komórkowych w dłużej skali czasowej (gruboziarniste pole siłowe) umożliwiającej symulowanie układu złożonego z białek, cukrów, kwasów nukleinowych, lipidów czy jonów. W drugim etapie zostanie poprawiona metoda do symulacji układów w krótszej skali czasowej (pełnoatomowe pola siłowe). Obecnie funkcja opisująca energetykę układu jest niedokładna. Nowo wyprowadzona funkcja matematyczna zostanie użyta do poprawy energii opisującej kąt torsyjny. W trzecim etapie zostanie stworzony sposób na komunikowanie się między poszczególnymi sposobami opisu cząsteczek - gruboziarnistym i pełnoatomowym. Metoda "rozmowy" między dwoma typami przedstawiania cząsteczek, która nazywa się wymianą rozdzielczości, zostanie wprowadzona dla poprawionych pól siłowych. W metodzie tej cząsteczki w trakcie symulacji przechodzą z jednej reprezentacji do drugiej. W ostatnim etapie oba pola siłowe zostaną poprawione by pasowy do siebie, umożliwiając symulację dużych układów z dużą dokładnością, pozwalając jednocześnie na badanie długotrwałych procesów. Zostanie zastosowana metoda odpowiedniości sił. Oznacza to, że parametry pól siłowych poprawiane będą w taki sposób, aby wzajemnie do siebie pasować. Proces ten będzie prowadzony naprzemiennie, najpierw poprawiane będą parametry gruboziarnistego a następnie pełnoatomowego pola siłowego, aż do uzyskania pełnej zgodności.

Publikacje

  1. Adam K. Sieradzan, Anatolii Korneev, Alexander Begun, Khatuna Kachlishvili, Harold A. Scheraga,Alexander Molochkov, Patrick Senet, Antti J. Niemi, and Gia G. Maisuradze, Investigation of Phosphorylation-Induced Folding of an IntrinsicallyDisordered Protein by Coarse-Grained Molecular Dynamics, Journal of Chemical Theory and Computation 17, (2021) 3203-3220
  2. Agnieszka G. Lipska, Anna M. Antoniak, Patryk Wesołowski, Alan Warszawski, Sergey A. Samsonov & Adam K. Sieradzan , Coarse-grained modeling of the calcium, sodium, magnesium and potassium cations interacting with proteins, Journal of Molecular Modeling volume 28, (2022) 201
  3. Krzysztof M. Ocetkiewicz , Cezary Czaplewski, Henryk Krawczyk , Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo, Jerzy Proficz, Adam K. Sieradzan, Paweł Czarnul, UNRES-GPU for physics-based coarse-grained simulations of protein systems at biological time- and size-scales , Bioinformatics 6, (2023) btad391
  4. Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Andrea D. Lipińska, Krzysztof M. Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Paweł Czarnul, Henryk Krawczyk, Adam Liwo, Long-time scale simulations of virus-like particles from three human-norovirus strains, Journal of Computational Chemistry 44, (2023) 1470–1483


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.