Rozszerzenie stosowalności gruboziarnistego pola siłowego UNICORN o najistotniejsze komponenty komórkowe
Identyfikator grantu: PT00836
Kierownik projektu: Łukasz Dziadek
Uniwersytet Gdański
Wydział Chemii
Gdańsk
Data otwarcia: 2020-10-07
Streszczenie projektu
Badania mają na celu dalsze rozszerzenie rodziny modeli opartych na fizyce UNIfied COarse gRaiNed (UNICORN) opisujących białka, kwasy nukleinowe, polisacharydy i lipidy przez wyprowadzenie potencjałów oddziaływań między składowymi tego pola siłowego, a mianowicie: kwasy nukleinowe-lipidy, kwasy nukleinowe - jony, kwas nukleinowy - woda w postaci jawnej, kwasy nukleinowe - cukry, cukry - jony, cukry - woda, cukry - lipidy i lipidy - woda. Co więcej, nowe pole siłowe będzie umożliwiają nam badanie receptorów sprzężonych z białkiem G (GPCR) w długich skalach czasowych po wiązaniu liganda. Pole siłowe zostanie utworzone w dwóch wariantach, z jawnym lub niejawnym rozpuszczalnikiem. Parametry zostaną wyprowadzone z dopasowanych funkcji do otrzymanych potencjałów średniej siły (PMF) z symulacji AA MD lub obliczeń PM7 systemów modelowych. Po wdrożeniu parametrów, będą one zoptymalizowane przy użyciu metody największej wiarygodności, a następnie zastosowane w systemach o znaczeniu biologicznym, takich jak jako wirus lub zespół kapsydu.