Modelowanie oddziaływań między składnikami cieczy stawowej
Identyfikator grantu: PT00822
Kierownik projektu: Maciej Przybyłek
Realizatorzy:
- Adam Gadomski
- Alina Sionkowska
- Natalia Kruszewska
- Damian Ledziński
- Krzysztof Domino
- Piotr Cysewski
- Piotr Sionkowski
- Anna Tuwalska
Uniwersytet Mikołaja Kopernika
Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera
Bydgoszcz
Data otwarcia: 2020-04-16
Streszczenie projektu
Zagadnienie tarcia i smarowania układu chrząstki stawowej jest bardzo złożonym problemem, który można rozpatrywać na kilku poziomach i reżimach jej funkcjonowania. Wynika on z tego, że choć ciecz smarująca składa się w większości w wody to pozostałe jej składniki nadają jej właściwości smarujące wielokrotnie przewyższające te wykorzystywane w przemysłowych maszynach. Zagadnieniem badanym w tym projekcie są supramolekularne struktury występujące w mazi. Chodzi tu głównie o układy kwasu hialuronowego, fosfolipidów i białek w środowisku wodnym.
Wykorzystując modele pełno-atomowe jak i gruboziarniste zamierzam badać jak wybrane związki łączą się ze sobą, tj jaki charakter mają wiązania występujące między nimi. Kolejnym krokiem będzie parametryzacja wybranych struktur do reprezentacji gruboziarnistej, gdzie badane będą ich właściwości nierównowagowe, wynikające z tarcia występującego podczas ruchu.
Wykorzystując modele pełno-atomowe jak i gruboziarniste zamierzam badać jak wybrane związki łączą się ze sobą, tj jaki charakter mają wiązania występujące między nimi. Kolejnym krokiem będzie parametryzacja wybranych struktur do reprezentacji gruboziarnistej, gdzie badane będą ich właściwości nierównowagowe, wynikające z tarcia występującego podczas ruchu.
Publikacje
- PIOTR BEŁDOWSKI, PIOTR WEBER, ADAM GADOMSKI, KRZYSZTOF DOMINO, ROHIT PRASAD, Interaction of albumin with chondroitin sulphate IV and VI, a molecular docking study, The 16th International Conference "Dynamical Systems – Theory and Applications" -, (2021) -
- Sionkowski, P.; Bełdowski, P.; Kruszewska, N.; Weber, P.; Marciniak, B.; Domino, Effect of Ion and Binding Site on the Conformation of Chosen Glycosaminoglycans at the Albumin Surface, Entropy 24, (2022) 811
- Przybyłek, M.; Bełdowski, P.; Wieland, F.; Cysewski, P.; Sionkowska, A. , Collagen Type II—Chitosan Interactions as Dependent on Hydroxylation and Acetylation Inferred from Molecular Dynamics Simulations. , Molecules 28, (2023) 154
- Przybyłek, M.; Bełdowski, P, Molecular dynamics simulations of the affinity of chitin and chitosan for collagen: the effect of pH and the presence of sodium and calcium cations, Progress on Chemistry and Application of Chitin and its Derivatives 28, (2023) 136-150