Gruboziarniste modelowanie oddziaływań mikrotubuliny z kinezyną
Grant ID: PT01210
Project leader: Agnieszka Lipska
Implementers:
- Agnieszka Lipska
Politechnika Gdańska, CI TASK
Gdańsk
Start date: 2024-12-18
Planned end date: 2027-12-18
Project summary
Tematem tego projektu jest badanie oddziaływań pomiędzy fragmentem mikrotubuliny a białkiem motorycznym kinezyną. Rozpatrywane będą różne przypadki mikrotubuliny (z oraz bez C-końca) oraz różne stany związane kinezyny (z ATP, z ADP, lub forma apo). Pojedynczy układ w całości składa się z białek i będzie zawierał ponad 200 000 tysięcy reszt aminowkasowych.
Symulacje dynamiki molekularnej zostaną wykonane za pomocą gruboziarnistego pola siłowego UNRES, który niedawno został zaimplementowany do stosowania na kartach graficznych.
Uzasadnienie: Kinezyna i mikrotubuliny współpracują ze sobą w procesie transportu komórkowego. „Ciężarówki” kinezynowe przyczepiają się do „drogi” mikrotubuliny i poruszają się wzdłuż nich, transportując różne materiały wewnątrz komórki, zapewniając, że odpowiednie składniki dotrą do właściwych miejsc. Zrozumienie sposobu wiązania kinezyny i mikrotubulin jest kluczowe, ponieważ zakłócenia w tym procesie mogą wpływać na wewnętrzną logistykę komórki. Wiązanie to odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia i prawidłowego funkcjonowania komórki.
Symulacje dynamiki molekularnej zostaną wykonane za pomocą gruboziarnistego pola siłowego UNRES, który niedawno został zaimplementowany do stosowania na kartach graficznych.
Uzasadnienie: Kinezyna i mikrotubuliny współpracują ze sobą w procesie transportu komórkowego. „Ciężarówki” kinezynowe przyczepiają się do „drogi” mikrotubuliny i poruszają się wzdłuż nich, transportując różne materiały wewnątrz komórki, zapewniając, że odpowiednie składniki dotrą do właściwych miejsc. Zrozumienie sposobu wiązania kinezyny i mikrotubulin jest kluczowe, ponieważ zakłócenia w tym procesie mogą wpływać na wewnętrzną logistykę komórki. Wiązanie to odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia i prawidłowego funkcjonowania komórki.
Publications
- Ocetkiewicz, K., Czaplewski, C., Krawczyk, H., Lipska, A., Liwo, A., Proficz, J., Sieradzan, A. K., & Czarnul, P., ulti-GPU UNRES for scalable coarse-grained simulations of very large protein systems, COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 298, (2024) 109112
- Czaplewski, C., Czarnul, P., Krawczyk, H., Lipska, A., Lubecka, E., Ocetkiewicz, K., Proficz, J., Sieradzan, A., Ślusarz, R., & Liwo, J. , Multi-GPU-powered UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of structure, dynamics, and thermodynamics of protein systems at biological size- and timescales, BIOPHYSICAL JOURNAL 123, (2024) 422a
- Agnieszka G. Lipska, Babu Reddy Janakaloti Narayanareddy, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Krzysztof M. Ocetkiewicz, Jerzy Proficz, Pawe Czarnul, Henryk Krawczyk, Steven Gross, Adam Liwo, Influence of the presence of tubulin C-terminal tail on kinesin-1's microtubule binding rate, Biophysical Journal -, (2025) -
- Agnieszka G. Lipska, Long-timescale simulations of biologically relevant systems using a coarse- grained approach, Tenth Polish-Korean Conference on “Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches” -, (2025) -
Contact
Traugutta 75, Street, 80-221 Gdańsk
tel.: + 48 58 347 24 11
email: office@task.gda.pl
NIP: 584-020-35-93
REGON: 000001620
Opening hours: Monday-Friday 08.00 am – 03.00 pm