Grant/Projekt zakończony
Rozszerzenie stosowalności gruboziarnistego pola siłowego UNICORN o najistotniejsze komponenty komórkowe
Identyfikator grantu: PT00836
Kierownik projektu: Łukasz Dziadek
Uniwersytet Gdański
Wydział Chemii
Gdańsk
Data otwarcia: 2020-10-07
Data zakończenia: 2025-04-10
Streszczenie projektu
Badania mają na celu dalsze rozszerzenie rodziny modeli opartych na fizyce UNIfied COarse gRaiNed (UNICORN) opisujących białka, kwasy nukleinowe, polisacharydy i lipidy przez wyprowadzenie potencjałów oddziaływań między składowymi tego pola siłowego, a mianowicie: kwasy nukleinowe-lipidy, kwasy nukleinowe - jony, kwas nukleinowy - woda w postaci jawnej, kwasy nukleinowe - cukry, cukry - jony, cukry - woda, cukry - lipidy i lipidy - woda. Co więcej, nowe pole siłowe będzie umożliwiają nam badanie receptorów sprzężonych z białkiem G (GPCR) w długich skalach czasowych po wiązaniu liganda. Pole siłowe zostanie utworzone w dwóch wariantach, z jawnym lub niejawnym rozpuszczalnikiem. Parametry zostaną wyprowadzone z dopasowanych funkcji do otrzymanych potencjałów średniej siły (PMF) z symulacji AA MD lub obliczeń PM7 systemów modelowych. Po wdrożeniu parametrów, będą one zoptymalizowane przy użyciu metody największej wiarygodności, a następnie zastosowane w systemach o znaczeniu biologicznym, takich jak jako wirus lub zespół kapsydu.
Publikacje
- Ł. J. Dziadek, A. K. Sieradzan, C. Czaplewski, M. Zalewski, F. Banaś, M. Toczek, W. Nisterenko, S. Grudinin, A. Liwo, A. Giełdoń, Assessment of Four Theoretical Approaches to Predict Protein Flexibility in the Crystal Phase and Solution, Journal of Chemical Theory and Computation 20, 17, (2024) 7667–7681
KONTAKT
Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.
Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:
Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.