Zastosowanie symulacji w gruboziarnistym modelu UNRES do badania przejść konformacyjnych białek
Kierownik projektu: Cezary Czaplewski
Realizatorzy:
- Artur Giełdoń
- Iga Biskupek
- Anna Antoniak
Uniwersytet Gdański
Wydział Chemii
Gdańsk
Data otwarcia: 2022-01-19
Streszczenie projektu
Białka są podstawowym budulcem żywych organizmów, wiedza o strukturze i dynamice białek jest niezbędna do zrozumienia ich funkcji.
Model UNRES jest wysoce uproszczonym modelem gruboziarnistym białek, w którym każdy aminokwas jest reprezentowany tylko przez dwa centra oddziaływań. Pomimo tego uproszczenia pole UNRES jest ściśle oparte na fizyce oddziaływań. Zastosowana w projekcie metoda badania przejść konformacyjnych w białkach wykorzystuje lorentzowską funkcję przełączającej między skrajnymi konformacjami. Przeprowadzone będą symulacje wybranych układów biologicznych o dobrze określonych skrajnych konformacjach: przejście między dwoma formami kinazy adenylowej, otwartą i zamkniętą konformacją chaperonu Hsp70, przejście między różnymi konformacjami białek motorycznych.
Model UNRES jest wysoce uproszczonym modelem gruboziarnistym białek, w którym każdy aminokwas jest reprezentowany tylko przez dwa centra oddziaływań. Pomimo tego uproszczenia pole UNRES jest ściśle oparte na fizyce oddziaływań. Zastosowana w projekcie metoda badania przejść konformacyjnych w białkach wykorzystuje lorentzowską funkcję przełączającej między skrajnymi konformacjami. Przeprowadzone będą symulacje wybranych układów biologicznych o dobrze określonych skrajnych konformacjach: przejście między dwoma formami kinazy adenylowej, otwartą i zamkniętą konformacją chaperonu Hsp70, przejście między różnymi konformacjami białek motorycznych.
Publikacje
- Rafał Ślusarz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski, Józef Adam Liwo , Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions, Frontiers in Molecular Biosciences 9, (2022) 1071428