Zastosowanie symulacji w gruboziarnistym modelu UNRES do badania przejść konformacyjnych białek

Kierownik projektu: Cezary Czaplewski

Realizatorzy:

  • Artur Giełdoń
  • Iga Biskupek
  • Anna Antoniak

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Data otwarcia: 2022-01-19

Streszczenie projektu

Białka są podstawowym budulcem żywych organizmów, wiedza o strukturze i dynamice białek jest niezbędna do zrozumienia ich funkcji.
Model UNRES jest wysoce uproszczonym modelem gruboziarnistym białek, w którym każdy aminokwas jest reprezentowany tylko przez dwa centra oddziaływań. Pomimo tego uproszczenia pole UNRES jest ściśle oparte na fizyce oddziaływań. Zastosowana w projekcie metoda badania przejść konformacyjnych w białkach wykorzystuje lorentzowską funkcję przełączającej między skrajnymi konformacjami. Przeprowadzone będą symulacje wybranych układów biologicznych o dobrze określonych skrajnych konformacjach: przejście między dwoma formami kinazy adenylowej, otwartą i zamkniętą konformacją chaperonu Hsp70, przejście między różnymi konformacjami białek motorycznych.


← Powrót do spisu projektów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.