Zastosowania

Grant/Projekt zakończony

Dynamika molekularna układów biologicznych

Identyfikator grantu: PT00829

Kierownik projektu: Natalia Kruszewska

Politechnika Bydgoska im. J.J. Śniadeckich

Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej

Bydgoszcz

Data otwarcia: 2020-07-01

Data zakończenia: 2024-06-05

Streszczenie projektu

Projekt ma na celu przeprowadzenie badań nad kinetyką i dynamiką procesów wzrostu i formowania się mikrostruktur w układach złożonych materii miękkiej w oparciu o symulację komputerową. Podzielony jest na dwa zagadnienia: 1. Zrozumienie mechanizmu ułatwionego smarowania i niskowymiarowego tarcia w chrząstkach stawowych. 2. Zrozumienie mechanizmu powstawania agregatów/złogów związków biopolimerowych oraz mineralnych w chorobach depozytowych (takich jak, w przypadku biopolimerów: choroby neurodegeneracyjne, np. Alzheimera, Downa, Parkinsona; a w przypadku minerałów: kamica nerkowa, kamica żółciowa i podagra). Badanie mechanizmu działania układów trących w chrząstce stawowej jest bardzo ważne dla zrozumienia przyczyn występowania zmian chorobowych w narządach układu ruchu. W tym celu Zespół przeprowadza symulacje układów typu białko-białko, białko-lipid w środowisku wodnym (z dodatkiem różnego rodzaju jonów) badając charakterystyki oddziaływań między tymi cząsteczkami oraz właściwości lepkosprężyste tych układów.

Publikacje

  1. Natalia Kruszewska, Krzysztof Domino, Piotr Weber, Water near lipid bilayer, Springer -, (2021) -
  2. N. Kruszewska, K. Domino and P. Weber, Water near the lipid bilayer, in. “Water in Biomechanical and Related Systems”, A. Gadomski (Ed.), Springer International Publishing -, (2021) 107-130
  3. N. Kruszewska, P. Bełdowski, A. Gadomski, The role of lipid bilayer in the joints viewed by the lens of molecular dynamics, ”, 2nd International Conference on Materials Science and Nanotechnology (Future Materials 2021), July 05-07, 2021 -, (2021) -
  4. N. Kruszewska, P. Bełdowski, A. Gadomski, Rola dwuwarstwy lipidowej w stawach, XLVII Zjazd Fizyków Polskich w Bydgoszczy 19-23.09.2021 -, (2021) -
  5. Piotr Bełdowski, Piotr Weber, Adam Gadomski, Piotr Sionkowski, Natalia Kruszewska, Krzysztof Domino, Interaction of albumin with chondroitin sulphate IV and VI, a molecular docking study, Springer -, (2021) -
  6. N. Kruszewska, P. Bełdowski, A. Gadomski, Molecular dynamics simulations of lipid bilayers in the vicinity of chosen synovial fluid components, Simulations of Functional Materials, Poznań -, (2022) -
  7. Kruszewska, N.; Mazurkiewicz, A.; Szala, G.; Słomion, M., Characterization of Synovial Fluid Components: Albumin-Chondroitin Sulfate Interactions Seen through Molecular Dynamics, Materials 15, (2022) 6935
  8. Sionkowski, P.; Bełdowski, P.; Kruszewska, N.; Weber, P.; Marciniak, B.; Domino, K., Effect of Ion and Binding Site on the Conformation of Chosen Glycosaminoglycans at the Albumin Surface, Entropy 24, (2022) 811
  9. J. Siódmiak, N. Kruszewska, An investigation of seed mucilage network properties and its formation process using computer modeling, 2nd European Congress on Chemistry and Applied Sciences, November 09-10 2023 Paris, France -, (2023) -
  10. N. Kruszewska, J. Siódmiak, Analiza właściwości fizykochemicznych hydrożelu roślinnego przy użyciu metod komputerowych, 48. Zjazd Fizyków Polskich, 1-7 września 2023 Gdańsk -, (2023) -
  11. N. Kruszewska, P. Sionkowski, K. Domino, Examining aggregation of seed mucous components through recurrence plot analysis., Entropy -, (2023) -

Powrót do listy grantów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.