Dynamika molekularna układów biologicznych
Identyfikator grantu: PT00829
Kierownik projektu: Natalia Kruszewska
Realizatorzy:
- Piotr Bełdowski
- Jacek Siódmiak
Politechnika Bydgoska im. J.J. Śniadeckich
Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej
Bydgoszcz
Data otwarcia: 2020-07-01
Streszczenie projektu
Projekt ma na celu przeprowadzenie badań nad kinetyką i dynamiką procesów wzrostu i formowania się mikrostruktur w układach złożonych materii miękkiej w oparciu o symulację komputerową. Podzielony jest na dwa zagadnienia:
1. Zrozumienie mechanizmu ułatwionego smarowania i niskowymiarowego tarcia w chrząstkach stawowych.
2. Zrozumienie mechanizmu powstawania agregatów/złogów związków biopolimerowych oraz mineralnych w chorobach depozytowych (takich jak, w przypadku biopolimerów: choroby neurodegeneracyjne, np. Alzheimera, Downa, Parkinsona; a w przypadku minerałów: kamica nerkowa, kamica żółciowa i podagra).
Badanie mechanizmu działania układów trących w chrząstce stawowej jest bardzo ważne dla zrozumienia przyczyn występowania zmian chorobowych w narządach układu ruchu. W tym celu Zespół przeprowadza symulacje układów typu białko-białko, białko-lipid w środowisku wodnym (z dodatkiem różnego rodzaju jonów) badając charakterystyki oddziaływań między tymi cząsteczkami oraz właściwości lepkosprężyste tych układów.
1. Zrozumienie mechanizmu ułatwionego smarowania i niskowymiarowego tarcia w chrząstkach stawowych.
2. Zrozumienie mechanizmu powstawania agregatów/złogów związków biopolimerowych oraz mineralnych w chorobach depozytowych (takich jak, w przypadku biopolimerów: choroby neurodegeneracyjne, np. Alzheimera, Downa, Parkinsona; a w przypadku minerałów: kamica nerkowa, kamica żółciowa i podagra).
Badanie mechanizmu działania układów trących w chrząstce stawowej jest bardzo ważne dla zrozumienia przyczyn występowania zmian chorobowych w narządach układu ruchu. W tym celu Zespół przeprowadza symulacje układów typu białko-białko, białko-lipid w środowisku wodnym (z dodatkiem różnego rodzaju jonów) badając charakterystyki oddziaływań między tymi cząsteczkami oraz właściwości lepkosprężyste tych układów.
Publikacje
- Natalia Kruszewska, Krzysztof Domino, Piotr Weber, Water near lipid bilayer, Springer -, (2021) -
- N. Kruszewska, K. Domino and P. Weber, Water near the lipid bilayer, in. “Water in Biomechanical and Related Systems”, A. Gadomski (Ed.), Springer International Publishing -, (2021) 107-130
- N. Kruszewska, P. Bełdowski, A. Gadomski, The role of lipid bilayer in the joints viewed by the lens of molecular dynamics, ”, 2nd International Conference on Materials Science and Nanotechnology (Future Materials 2021), July 05-07, 2021 -, (2021) -
- N. Kruszewska, P. Bełdowski, A. Gadomski, Rola dwuwarstwy lipidowej w stawach, XLVII Zjazd Fizyków Polskich w Bydgoszczy 19-23.09.2021 -, (2021) -
- Piotr Bełdowski, Piotr Weber, Adam Gadomski, Piotr Sionkowski, Natalia Kruszewska, Krzysztof Domino, Interaction of albumin with chondroitin sulphate IV and VI, a molecular docking study, Springer -, (2021) -
- N. Kruszewska, P. Bełdowski, A. Gadomski, Molecular dynamics simulations of lipid bilayers in the vicinity of chosen synovial fluid components, Simulations of Functional Materials, Poznań -, (2022) -
- Kruszewska, N.; Mazurkiewicz, A.; Szala, G.; Słomion, M., Characterization of Synovial Fluid Components: Albumin-Chondroitin Sulfate Interactions Seen through Molecular Dynamics, Materials 15, (2022) 6935
- Sionkowski, P.; Bełdowski, P.; Kruszewska, N.; Weber, P.; Marciniak, B.; Domino, K., Effect of Ion and Binding Site on the Conformation of Chosen Glycosaminoglycans at the Albumin Surface, Entropy 24, (2022) 811
- J. Siódmiak, N. Kruszewska, An investigation of seed mucilage network properties and its formation process using computer modeling, 2nd European Congress on Chemistry and Applied Sciences, November 09-10 2023 Paris, France -, (2023) -
- N. Kruszewska, J. Siódmiak, Analiza właściwości fizykochemicznych hydrożelu roślinnego przy użyciu metod komputerowych, 48. Zjazd Fizyków Polskich, 1-7 września 2023 Gdańsk -, (2023) -
- N. Kruszewska, P. Sionkowski, K. Domino, Examining aggregation of seed mucous components through recurrence plot analysis., Entropy -, (2023) -