Analiza porównawcza genomów Klebsiella pneumonia

Kierownik projektu: Piotr Szweda

Realizatorzy:

  • Roman Kotłowski

Politechnika Gdańska

Wydział Chemiczny

Gdańsk

Data otwarcia: 2020-03-10

Streszczenie projektu

Celem projektu jest porównanie sekwencji genomów bakterii Klebsiella pneumonia. Aktualnie ustalono i zdeponowano w bazach danych ponad 200 sekwencji całych genomów tej patogennej bakterii. Porównanie genomów tak dużej liczby izolatów daje szereg możliwości, między innymi: identyfikację obszarów zakonserwowanych ewolucyjnie oraz obszarów o dużej zmienności, ustalenie częstotliwości występowania genów kodujących najważniejsze czynniki wirulencji oraz warunkujących oporność na antybiotyki (ewentualnie identyfikacje mutacji punktowych w tych genach), analizę sekwencji regulatorowych decydujących o poziomie ekspresji czynników wirulencji/białek warunkujących brak wrażliwości na antybiotyki, czy identyfikację i lokalizację w genomach tzw. sekwencji repetytywnych. Na podstawie wyników porównania, w naszym zespole, opracowana zostanie nowa metoda genotypowania Klebsiella pneumonia .

Publikacje

  1. Kotłowski R, Nowak-Zaleska A, Węgrzyn G. , Discrimination of hospital isolates of Acinetobacter baumannii using repeated sequences and whole genome alignment differential analysis., J Appl Genet. 62(3), (2021) 511-521
  2. Kotłowski R. , Comparative analysis of mRNA transcripts of HT-29 cell line expressed in identical quantities for pathogenic E. coli strains UM146 and UM147 with control Escherichia coli Nissle 1917., J Genomics. 10, (2022) 1-7
  3. Kotłowski R., Influence of Escherichia coli on Expression of Selected Human Drug Addiction Genes., Life (Basel) 11(12):1346. , (2021) 11(12):1346


← Powrót do spisu projektów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.