Weryfikacja potencjalnych miejsc fosforylacji przez kinazę PrkC z B. subtilis w oparciu o obliczenia hybrydowe QM/MM

Kierownik projektu: Rajmund Kaźmierkiewicz

Realizatorzy:

  • Marcin Augustyniak

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Data otwarcia: 2019-07-16

Streszczenie projektu

Obliczenia, które wykonanałem w ramach mojego projektu doktoranckiego wykazały możliwość istnienia innych niż dotychczas opublikowane miejsc fosforylacji GTP-azy CpgA w wyniku aktywności kinazy PrkC z B. subtilis. Obliczenia powyższe przeprowadziłem m.in. w ramach mojego poprzedniego, właśnie zakończonego grantu obliczeniowego w TASK. GTP-aza CpgA jest jednym z prawdopodobnych, endogennych substratów kinazy PrkC. Szczegółowy opis kinazy PrkC, jej aktywności w odniesieniu do CpgA, oraz wyniki dotychczasowych obliczeń przedstawiłem w pracy doktorskiej "Molecular modeling of complexes of PrkC protein kinase with possible endogenous targets of phosphorylation activity", MWB UG-GUMed, 2017. Obliczenia, które dotychczas przeprowadziłem i opisałem, wykonałem w oparciu o klasyczną i tzw. przyspieszoną dynamikę molekularną, (jak również o modelowanie homologiczne). W proponowanym projekcie, chcę przeprowadzić obliczenia hybrydowe QM/MM, których celem jest symulacja reakcji fosforylacji przeprowadzonej przez kinazę PrkC na jej substratach: CpgA, oraz komponencie PTS - HPr. Obliczenia planuję przeprowadzić w oparciu o dostępne w pakiecie Amber16 (lub nowszym jeżeli znajdzie się w zasobach TASK) implementacje pół-empirycznych Hamiltonianów. Jako układ QM wyznaczę kluczowe elementy centrum katalitycznego (aktywne w procesie enzymatycznym reszty aminokwasowe, ATP, jon Mg2+), oraz akceptora grupy fosforanowej, tzn. prawdopodobnie fosforylowaną resztę Ser/Thr CpgA lub HPr. Jako układy wyjściowe przyjmę dotychczas otrzymane modele kompleksów PrkCc (części katalitycznej PrkC) z ATP-Mg2+ oraz CpgA lub HPr.


← Powrót do spisu projektów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.