Grant/Projek zakończony
Modelowanie zależności pomiędzy strukturą i aktywnością przeciwdrobnoustrojową kationowych związków powierzchniowo czynnych
Identyfikator grantu: PT00684
Kierownik projektu: Maciej Karolak
Uniwersytet Mikołaja Kopernika
Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera
Bydgoszcz
Data otwarcia: 2018-07-20
Data zakończenia: 2022-01-18
Streszczenie projektu
Narastające problemy z zakażeniami drobnoustrojami chorobotwórczymi u ludzi oraz coraz częstsze zjawisko nabywania oporności drobnoustrojów na stosowane środki dezynfekcyjne i antybiotyki stanowią obecnie duże wyzwanie dla świata medycyny, ale także nauki. Poszukiwania nowych substancji o właściwościach bakteriobójczych i grzybobójczych są prowadzone na szeroką skalę, jednak uzyskanie związków chemicznych charakteryzujących się silną aktywnością, a zarazem niską toksycznością jest zadaniem złożonym i wymagającym dużych nakładów czasowych i finansowych. Naprzeciw zespołom badaczy, skupiającym się na syntezie i badaniu aktywności nowo otrzymanych cząsteczek, wychodzą metody chemii obliczeniowej umożliwiające tworzenie matematycznych modeli określających aktywności związków z danej grupy na podstawie ich właściwości strukturalnych i molekularnych. Takie podejście umożliwia ograniczenie kosztów badań, ilości zużytych odczynników, a także przyspieszenie odkrywania nowych substancji mogących stać się powszechnie stosowanymi lekami przeciwdrobnoustrojowymi.
Celem pracy będzie stworzenie modelu matematycznego, opisującego zależność pomiędzy strukturą chemiczną grupy kationowych związków powierzchniowo czynnych i ich aktywnością przeciwdrobnoustrojową.
Do stworzenia modelu przewidującego wpływ struktury na aktywność przeciwdrobnoustrojową badanych związków wymagane będzie wyznaczenie deskryptorów molekularnych opisujących ich budowę i właściwości. W tym celu istotna będzie optymalizacja geometrii dużej liczby cząsteczek co będzie wymagało mocy obliczeniowej jaką mogą zapewnić tylko komputery dużej mocy.
Celem pracy będzie stworzenie modelu matematycznego, opisującego zależność pomiędzy strukturą chemiczną grupy kationowych związków powierzchniowo czynnych i ich aktywnością przeciwdrobnoustrojową.
Do stworzenia modelu przewidującego wpływ struktury na aktywność przeciwdrobnoustrojową badanych związków wymagane będzie wyznaczenie deskryptorów molekularnych opisujących ich budowę i właściwości. W tym celu istotna będzie optymalizacja geometrii dużej liczby cząsteczek co będzie wymagało mocy obliczeniowej jaką mogą zapewnić tylko komputery dużej mocy.
Publikacje
- Maciej Karolak, Badanie in silico zależności struktura-aktywność chlorków bis-imidazoliowych - rozprawa doktorska, Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy, Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu 1, (2020) 114
- Pałkowski Ł., Karolak M., Błaszczyński J., Krysiński J., Słowiński R., Structure-activity relationships of the imidazolium compounds as antibacterials of Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa, Int. J. Mol. Sci. 22(15), (2021) 1-12