Modelowanie zależności pomiędzy strukturą i aktywnością przeciwdrobnoustrojową kationowych związków powierzchniowo czynnych

Kierownik projektu: Maciej Karolak

Uniwersytet Mikołaja Kopernika

Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera

Bydgoszcz

Streszczenie projektu

Narastające problemy z zakażeniami drobnoustrojami chorobotwórczymi u ludzi oraz coraz częstsze zjawisko nabywania oporności drobnoustrojów na stosowane środki dezynfekcyjne i antybiotyki stanowią obecnie duże wyzwanie dla świata medycyny, ale także nauki. Poszukiwania nowych substancji o właściwościach bakteriobójczych i grzybobójczych są prowadzone na szeroką skalę, jednak uzyskanie związków chemicznych charakteryzujących się silną aktywnością, a zarazem niską toksycznością jest zadaniem złożonym i wymagającym dużych nakładów czasowych i finansowych. Naprzeciw zespołom badaczy, skupiającym się na syntezie i badaniu aktywności nowo otrzymanych cząsteczek, wychodzą metody chemii obliczeniowej umożliwiające tworzenie matematycznych modeli określających aktywności związków z danej grupy na podstawie ich właściwości strukturalnych i molekularnych. Takie podejście umożliwia ograniczenie kosztów badań, ilości zużytych odczynników, a także przyspieszenie odkrywania nowych substancji mogących stać się powszechnie stosowanymi lekami przeciwdrobnoustrojowymi.
Celem pracy będzie stworzenie modelu matematycznego, opisującego zależność pomiędzy strukturą chemiczną grupy kationowych związków powierzchniowo czynnych i ich aktywnością przeciwdrobnoustrojową.
Do stworzenia modelu przewidującego wpływ struktury na aktywność przeciwdrobnoustrojową badanych związków wymagane będzie wyznaczenie deskryptorów molekularnych opisujących ich budowę i właściwości. W tym celu istotna będzie optymalizacja geometrii dużej liczby cząsteczek co będzie wymagało mocy obliczeniowej jaką mogą zapewnić tylko komputery dużej mocy.

Publikacje

  1. Maciej Karolak, Badanie in silico zależności struktura-aktywność chlorków bis-imidazoliowych - rozprawa doktorska, Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy, Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu 1, (2020) 114


← Powrót do spisu projektów

KONTAKT

Nasi konsultanci służą pomocą przyszłym i początkującym użytkownikom specjalistycznego oprogramowania zainstalowanego na Komputerach Dużej Mocy w Centrum Informatycznym TASK.

Kontakt w sprawach Komputerów Dużej Mocy, oprogramowania/licencji, grantów obliczeniowych, sprawozdań:

kdm@task.gda.pl

Administratorzy odpowiadają na maile w dni robocze w godzinach 8:00 – 15:00.