Grant/Projekt zakończony
Modelowanie, wspomagane przez dane doświadczalne, struktury zespołów statystycznych białek wewnętrznie nieuporządkowanych oraz ich asocjacji
grant ID: PT00990
Project leader: Maciej Pyrka
Uniwersytet Gdański
Wydział Chemii
Gdańsk
Start date: 2022-08-25
End date: 2024-03-08
Project summary
Projekt ma na celu opracowanie zorientowanej na zespoły statystyczne, wspomaganej danymi eksperymentalnymi metody dynamiki molekularnej (EODAMD; Ensemble Oriented Data Assisted Molecular Dynamics) określania dynamicznej struktury białek wewnętrznie nieuporządkowanych IDP oraz białek o wielu stanach konformacyjnych (takich, jak np. chaperony molekularne). Metoda będzie oparta na symulacjach dynamiki molekularnej z hamiltonowską wymianą replik w gruboziarnistym polu siłowym UNRES opracowanym w laboratorium kierownika projektu. Więzy eksperymentalne będą nakładane na cały zespół konformacyjny poprzez ich uśrednienie względem replik i okien symulacyjnych. Jest to międzynarodowy projekt Sheng-2 realizowany we współpracy z grupą prof. Chuna Tanga z Uniwersytetu Pekińskiego.
CONTACT
Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.
Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:
Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.