Grant/Projekt zakończony
Badanie wpływu modyfikacji cukrami na oddziaływanie i dynamikę układów biologicznie czynnych
grant ID: PT00673
Project leader: Rafał Ślusarz
Uniwersytet Gdański
Wydział Chemii
Gdańsk
Start date: 2018-05-09
End date: 2023-05-25
Project summary
W ramach projektu prowadzone są badania w jaki sposób układy o znanej lub spodziewanej aktywności biologicznej zmieniają naturę wzajemnego oddziaływania, jak podstawienia jednostkami cukrowymi zmieniają dynamikę układów, skupiska ich preferowanych rodzin oraz ogólne powinowactwo do otoczenia. Badane są zarówno układy działające z użyciem mechanizmów receptorowych, jak i ogólnego wiązania na powierzchniach lub w centrach aktywnych biomolekuł.
Głównymi technikami badawczymi są dynamika molekularna, analiza konformacyjna i skupień, statystyka zależności energii od konformacji i oddziaływań.
Strona projektu: http://rslusarz.strony.ug.edu.pl/TASK/
Publications
- J. Samaszko-Fiertek, B. Dmochowska, R. Ślusarz, J. Madaj, The oxolane ring opening of some muramic acid derivatives under acidic conditions, Letters in Organic Chemistry 15, iss. 8, (2018) 693-697
- B. Dmochowska, L. Pellowska-Januszek, J. Samaszko-Fiertek, R. Ślusarz, R. Wakieć, J. Madaj, Efficient synthesis and antifungal investigation of nucleosides' quaternaryammonium salt derivatives, Turkish Journal of Chemistry 43, (2019) 157-171
- J. Samaszko-Fiertek, M. Szulc, B. Dmochowska, M. Jaśkiewicz, W. Kamysz, R. Ślusarz, J. Madaj, Influence of carbohydrate residues on antibacterial activity of vancomycin, Letters in Organic Chemistry 17(4), (2020) 287-293
- B. Dmochowska, R. Ślusarz, J. Chojnacki, J. Samaszko-Fiertek, J. Madaj, The quaternization reaction of 5-O-sulfonates of methyl 2,3-O-isopropylidene-b-D-ribofuranoside with selected heterocyclic and aliphatic amines, Molecules 25(9), (2020) 2161-2173
- Anna Antoniak, Iga Biskupek, Krzysztof K. Bojarski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Mateusz Kogut, Małgorzata M. Kogut, Paweł Krupa, Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo, Emilia A. Lubecka, Mateusz Marcisz, Martyna Maszota-Zieleniak, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Magdalena J. Ślusarz, Rafał Ślusarz, Patryk A. Wesołowski, Karolina Ziȩba, Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment, Journal of Molecular Graphics and Modelling 108, (2021) 108008
- Rafał Ślusarz, Barbara Dmochowska, Justyna Samaszko-Fiertek, Krzysztof Brzozowski, Janusz Madaj, NMR and MD Analysis of the Bonding Interaction of Vancomycin with Muramyl Pentapeptide, Int J Mol Sci 9, (2022) 1071428
CONTACT
Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.
Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:
Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.