wersja kontrastowa


Logowanie do System sprawozdań KDM

Teoretyczne badanie powinowactwa 8-azapuryn do białka fosforylazy nukleozydów purynowych (PNP)

Kierownik projektu: Maciej Pyrka

Uniwersytet Warmińsko-Mazurski

Wydział Nauki o Żywności

Olsztyn

Streszczenie projektu

8-azapuryuny różnią się od natywnych puryn kwasów nukleinowych tym, że w pozycji nr 8 węgiel jest zastąpiony azotem. To powoduje, że cząsteczka 8-azapuryny wykazuje cechy fluoroforu, co umożliwia wykorzystanie kolejnej metody spektroskopowej służącej zbadaniu jej właściwości fizykochemicznych. Co w konsekwencji pozwala badać proces rybozylacji/fosforolizy ligandu (8-azapuryny) przy udziale enzymu katalizującego, mianowicie białka (PNP), wykorzystując metody fluorescencji. Białko PNP stoi na drodze szlaku metabolicznego, ponadto jego niedostateczna ilość prowadzi do niedoboru odpornościowego. W wyniku badań naukowych grupy pod przewodnictwem prof. Wierzchowskiego, gdzie głównie badano proces rybozylacji, okazało się, że wybrane 8-azapuryny przyłączają rybozę nie tylko w miejscu nr N(9) (naturalna pozycja rybozylacji), ale także w miejscu N(7) oraz N(8). Na wyjaśnienie tego procesu zostały przedstawione dwie hipotezy:



1. Inna forma tautomeryczna lub jonowa 8-azapuryn w kompleksie.

2. Inna geometria wiązania substratu.



Powyższe hipotezy zachęcają do podjęcia prób wyjaśnienia mechanizmu wiązania białko-ligand z wykorzystaniem metod teoretycznych. W tym celu należy zastosować metody obliczeniowe chemii kwantowej, dokowania oraz dynamiki molekularnej.



Metodyka:



- zbadanie tautomerii, właściwości elektrostatycznych oraz parametryzacja wybranych 8-azapuryn z użyciem metod obliczeniowych chemii kwantowej.

- dokowanie najbardziej dominujących form 8-azapuryn do kieszeni wiążącej liganda z uwzględnieniem różnych orientacji przestrzennych w odniesieniu do reszt aminokwasowych kieszeni wiążącej.

- symulacje dynamiki molekularnej badanych kompleksów.

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93