wersja kontrastowa


Logowanie do System sprawozdań KDM

Modelowanie heterooligomerów białek IbpA i IbpB

Kierownik projektu: Szymon Ziętkiewicz

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Streszczenie projektu

Celem projektu jest zbadanie struktury małych białek szoku cieplnego IbpA oraz IbpB pochodzących z bakterii E.coli. Są to tzw. małe białka szoku cieplnego, odpowiedzialne za ochronę białek komórki przed nadmierną agregacją podczas szoku związanego z podwyższoną temperaturą, oraz ułatwianie powrotu zdenaturowanych białek do konformacji natywnej. Są to białka o wielkośc ok 15kDa, tworzące natywnie duże oligomery. Pomimo, iż białka IbpA i IbpB cechują się wysokim stopniem identyczności sekwencji, do ich funkcjonowania niezbędna jest jednoczesna obecność ich obu. Najnowsze dane doświadczalne zespołu wskazują na wzajemne oddziaływanie białek IbpAi IbpB na poziomie tworzenia heterodimeru. Celem projektu jest analiza strukturalna podjednostek heterodimeru oraz heterooligomerów IbpA/IbpB.

W chwili obecnej dysponujemy modelem homologicznym heterodimeru IbpA/IbpB. W celu jego udokładnienia i analizy stabilności chcielibyśmy wykonać dynamikę molekularną metodą replica exchange z użyciem pola gruboziarnistego UNRES.

Celem dalszej części projektu jest zbudowanie modelu tetrameru złożonego z dwóch heterodimerów, wykorzystując do tego więzy odległości uzyskane za pomocą crosslinking-MS wykonanego z zastosowaniem syntetycznych aminokwasów sieciujących wbudowywanych w specyficzne miejsca w badanych białkach.

Mechanizm działania protekcyjnego białek IbpA i IbpB nie jest poznany na poziome molekularnym. Otrzymane wyniki modelowania pozwolą na przybliżenie niektórych jego aspektów, jak np. architektury analizowanych kompleksów, ich stabilności czy obszarów wzajemnego oddziaływania.

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93