Logowanie do System sprawozdań KDM

Analiza danych metabolomicznych w raku gruczołu krokowego

Kierownik projektu: Wiktoria Struck-Lewicka

Gdański Uniwersytet Medyczny

Wydział Farmaceutyczny

Gdańsk

Streszczenie projektu

Celem prowadzonych przez Wnioskodawcę badań jest przeprowadzenie kompleksowej analizy metabolomicznej obejmującej niecelową oraz celowaną analizę metabolitów z próbek moczu (n=300) oraz osocza (n=300) w celu poszukiwania zależności pomiędzy rakiem gruczołu krokowego (CaP) a obserwowanymi zmianach w zmierzonych profilach metabolicznych. Oznaczane są tzw. "metaboliczne odciski palca" (fingerprints), a w drugim etapie również stężenia wyselekcjonowanych metabolitów z zastosowaniem zaawansowanych technik analitycznych wykorzystujących technikę spektrometrii mas (HPLC-QqQ/MS, HPLC-TOF/MS, CE-TOF/MS, CE-QqQ/MS oraz GC-QqQ/MS). Uzyskane z oznaczeń zestawy danych poddane zostają analizom bioinformatycznym, dzięki którym możliwe jest wyselekcjonowanie zestawu metabolitów różnicujących pacjentów z CaP i zdrowych ochotników oraz określenie zależności między nimi a zmierzonym swoistym antygenem sterczowym (PSA). Badane są również zależności pomiędzy zaawansowaniem nowotworu a aktywnością enzymów wpływających na uzyskane poziomy metabolitów. Poprzez identyfikację oraz interpretację zmienionej aktywności enzymów wpływających na metabolom, zweryfikowany oraz zaproponowany zostanie wpływ szlaków biochemicznych i wzajemnych powiązań między nimi na  patogenezę rozwoju CaP.

Uzyskane z oznaczeń macierze danych poddane zostaną analizom chemometrycznym obejmującym etap przygotowania danych, analizę jednowymiarową (test t-Studenta, test U Manna-Whitneya) oraz wielowymiarową analizę klasyfikacyjną (PCA, CA) i predykcyjną (PLS-DA, OPLS-DA, regresja logistyczna).

Publikacje

  1. W. Struck-Lewicka, M. Patejko, R. Wawrzyniak, M. Kordalewska, D. Siluk, M. Markuszewski, M. Matuszewski, M.J. Markuszewski, LC-TOF/MS and GC-QqQ/MS metabolic fingerprinting study of plasma and urine samples derived from prostate cancer patients, DA - PBA, International Symposium on Pharmaceutical and Biomedical Analysis, Leven, Belgia -, (2018) -