Superkomputer: Applications

Celem projektu jest wykorzystanie zawansowanych technik bioinformatycznych do badania oraz wyjaśnienia potencjału przeciwdrobnoustrojowego produktów pszczelich (głównie propolisu) oraz mikrobioty tych produktów. Członkowie zespołu aktualnie realizują dwa granty finansowane przez Narodowe Centrum Nauki w Krakowie: „Propolis oraz polifenole pozyskiwane z tego produktu jako potencjalne środki przeciwgrzybicze” oraz „Biotechnologiczny i farmakologiczny potencjał mikrobioty produktów pszczelich.”. Podstawowym celem projektu dotyczącego właściwości przeciwgrzybowych propolisu jest identyfikacja składników aktywnych tego produktu. Wyniki doczasowych badań wykazały wyraźną korelację pomiędzy potencjałem przeciwgrzybowym propolisu i zawartością flawonoidów - preparaty chrakteryzujące się wysoką zawartością tej grupy związków wykazują wyższą aktywność grzybostatyczną i grzybobójczą. Analizy bioinformatyczne zostaną wykorzystane do ustalenia, które z elementów komórek grzybowych stanowią cel molekularny dla flawonoidów.
Celem drugiego z realizowanych projektów finansowanych przez NCN jest izolacja z produktów pszczelich bakterii wytwarzających metabolity o aktywności przeciwdrobnoustrojowej (przeciwbakteryjnej i przeciwgrzybowej), oczyszczenie tych substancji, określenie ich budowy chemicznej i identyfikacja genów warunkujących ich produkcję. Wyizolowano już kilka szczepów o ciekawych właściwościach, przeprowadzono sekwencjonowanie całych genomów tych bakterii. Identyfikacja obszarów genomów zawierających fragmenty kodujące substancje potencjalnie przeciwdrobnoustrojowe zostanie przeprowadzona za pomocą zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych oraz przeszukiwania baz danych. Metody in silico zostaną także wykorzystane do ustalenia struktur substancji aktywnych – najprawdopodobniej peptydów, oraz mechanizmów molekularnych ich odziaływania z elementami komórek bakteryjnych i grzybowych (białka i błona komórkowa). Uzyskane wyniki zostaną opublikowane w renomowanych czasopismach naukowych.