Analiza porównawcza genomów Klebsiella pneumonia

Kierownik projektu: Piotr Szweda

Realizatorzy:

  • Roman Kotłowski

Politechnika Gdańska

Wydział Chemiczny

Gdańsk

Data otwarcia: 2020-03-10

Streszczenie projektu

Celem projektu jest porównanie sekwencji genomów bakterii Klebsiella pneumonia. Aktualnie ustalono i zdeponowano w bazach danych ponad 200 sekwencji całych genomów tej patogennej bakterii. Porównanie genomów tak dużej liczby izolatów daje szereg możliwości, między innymi: identyfikację obszarów zakonserwowanych ewolucyjnie oraz obszarów o dużej zmienności, ustalenie częstotliwości występowania genów kodujących najważniejsze czynniki wirulencji oraz warunkujących oporność na antybiotyki (ewentualnie identyfikacje mutacji punktowych w tych genach), analizę sekwencji regulatorowych decydujących o poziomie ekspresji czynników wirulencji/białek warunkujących brak wrażliwości na antybiotyki, czy identyfikację i lokalizację w genomach tzw. sekwencji repetytywnych. Na podstawie wyników porównania, w naszym zespole, opracowana zostanie nowa metoda genotypowania Klebsiella pneumonia .


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.