Weryfikacja potencjalnych miejsc fosforylacji przez kinazę PrkC z B. subtilis w oparciu o obliczenia hybrydowe QM/MM

Kierownik projektu: Rajmund Kaźmierkiewicz

Realizatorzy:

  • Marcin Augustyniak

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Data otwarcia: 2019-07-16

Streszczenie projektu

Obliczenia, które wykonanałem w ramach mojego projektu doktoranckiego wykazały możliwość istnienia innych niż dotychczas opublikowane miejsc fosforylacji GTP-azy CpgA w wyniku aktywności kinazy PrkC z B. subtilis. Obliczenia powyższe przeprowadziłem m.in. w ramach mojego poprzedniego, właśnie zakończonego grantu obliczeniowego w TASK. GTP-aza CpgA jest jednym z prawdopodobnych, endogennych substratów kinazy PrkC. Szczegółowy opis kinazy PrkC, jej aktywności w odniesieniu do CpgA, oraz wyniki dotychczasowych obliczeń przedstawiłem w pracy doktorskiej "Molecular modeling of complexes of PrkC protein kinase with possible endogenous targets of phosphorylation activity", MWB UG-GUMed, 2017. Obliczenia, które dotychczas przeprowadziłem i opisałem, wykonałem w oparciu o klasyczną i tzw. przyspieszoną dynamikę molekularną, (jak również o modelowanie homologiczne). W proponowanym projekcie, chcę przeprowadzić obliczenia hybrydowe QM/MM, których celem jest symulacja reakcji fosforylacji przeprowadzonej przez kinazę PrkC na jej substratach: CpgA, oraz komponencie PTS - HPr. Obliczenia planuję przeprowadzić w oparciu o dostępne w pakiecie Amber16 (lub nowszym jeżeli znajdzie się w zasobach TASK) implementacje pół-empirycznych Hamiltonianów. Jako układ QM wyznaczę kluczowe elementy centrum katalitycznego (aktywne w procesie enzymatycznym reszty aminokwasowe, ATP, jon Mg2+), oraz akceptora grupy fosforanowej, tzn. prawdopodobnie fosforylowaną resztę Ser/Thr CpgA lub HPr. Jako układy wyjściowe przyjmę dotychczas otrzymane modele kompleksów PrkCc (części katalitycznej PrkC) z ATP-Mg2+ oraz CpgA lub HPr.


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.