Przewidywanie entalpii swobodnej oddziaływania pochodnych aromatycznych kwasów karboksylowych z cyklofiliną A

Kierownik projektu: Rajmund Kaźmierkiewicz

Realizatorzy:

  • Łukasz Radziński

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Data otwarcia: 2017-06-13

Streszczenie projektu

Interakcja liganda z enzymem lub receptorem jest jednym z głównych zagadnień badanych podczas projektowania nowych leków. Obecny rozwój w zakresie chemii obliczeniowej pozwala na coraz dokładniejsze przewidywanie oddziaływań między ligandem a białkiem za pomocą komputerów. Jest to bardzo pomocne, gdyż wyniki symulacji pozwalają na lepsze zaplanowanie kolejnych badań laboratoryjnych czy klinicznych. Celem projektu jest zbadanie oddziaływań między cyklofiliną A a potencjalnym inhibitorem (ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate), kod w bazie PDB 3RDD. Cyklofilina A to białko odpowiedzialne za izomeryzację cis/trans reszt prolinowych w peptydzie. Proces ten jest istotny podczas indukcji wzmożonej odpowiedzi immunologicznej np. przy odrzucaniu przeszczepu. Udowodniono również, że proces izomeryzacji cis/trans reszty prolinowej pewnych białek wirusowych jest konieczny do zajścia cyklu życiowego niektórych wirusów (HCV, HIV). Inhibitory cyklofiliny A mogą więc być wykorzystywane podczas terapii mających na celu wyciszenie reakcji immunologicznej lub podczas leczenia antywirusowego. Obecnie istniejące inhibitory cyklofiliny A - pochodne cyklosporyny A i sangliferyny A posiadają wiele wad, takich jak skutki uboczne podczas stosowania, interakcje z innymi lekami, trudności produkcyjne, duży rozmiar cząsteczki. Z tego powodu ważne jest, by poszukiwać nowych inhibitorów, bardziej skutecznych i z mniejszą ilością wad. Prowadzone są w tym celu badania i są już określone pewne związki o potencjalnym znaczeniu inhibitora. W tym projekcie celem jest zbadanie oddziaływań pomiędzy cyklofiliną A a potencjalnym inhibitorem (ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate) za pomocą obliczenia entalpii swobodnej przyłączenia liganda do enzymu. Oprogramowanie używane w projekcie zawiera się w pakiecie GROMACS 5.1.2. Korzystanie z zasobów obliczeniowych CI TASK jest niezbędne z powodu stosunkowo małej mocy obliczeniowej komputerów dostępnych w pracowni komputerowej MWB. Projekt wymaga większej mocy, gdyż jest konieczne obliczenie wielu stanów energetycznych pomiędzy enzymem a inhibitorem, od układu z pełnymi oddziaływaniami aż po ich brak.

Publikacje

  1. Łukasz Radziński, Nowe leki przciwwirusowe ? pochodne halogenowe N-[(4-aminobenzylo)karbamoilo]glicynianu etylu jako inhibitory cyklofiliny A, praca licencjacka 1, (2018) 1-13
  2. Ewa D. Mizancew, Magdalena Miklaszewska, Antoni Banaś, Rajmund Kaźmierkiewicz, Studies on docking of acyl-CoAs and NADPH to jojoba FAR protein models using Autodock Vina, JMB -, (2021) -


← Powrót do spisu projektów

CONTACT

Our consultants help future and novice users of specialized software installed on High Performance Computers (KDM) at the TASK IT Center.

Contact for High Performance Computers, software / licenses, computing grants, reports:

kdm@task.gda.pl

Administrators reply to e-mails on working days between 8:00 am – 3:00 pm.