Logowanie do System sprawozdań KDM

Izomeryzacja L i D aminokwasów w gruboziarnistych polach siłowych

Kierownik projektu: Adam Liwo

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Streszczenie projektu

Zaćma objawia się zmętnieniem na soczewce i może spowodować częściową lub całkowitą utratę wzroku. Przyczyna tworzenia zaćmy nie jest jeszcze dobrze poznana, jednak uważa się, że nieprawidłowości budowy soczewki wynikają z izomeryzacji optycznej aminokwasów budujących białka soczewki. Detekcja tego zjawiska jest skomplikowana ponieważ odpowiednia rozdzielczość optyczna możliwa jest do osiągnięcia tylko przy użyciu złożonej metodologii.



Cytując prof. Noriko Fuji z Kyoto University, Japonia: "Przez długi czas uważaliśmy, że żywe organizmy zbudowane są wyłącznie z L- aminokwasów, a D- aminokwasy, które są enancjomerami L-aminokwasów, zostały wyeliminowane jeszcze przed powstaniem życia. W związku z tym obecność i funkcja D-aminokwasów w żywych organizmach nie była nigdy badana, z wyjątkiem ściany komórkowej mikroorganizmów. Ostatnio jednak kwas D-asparginowy został wykryty w różnych tkankach ludzkich takich jak: soczewka oka, mózg, zęby, skóra, kość, aorta, erytrocyty, płuca, więzadła u osób starszych." [1]



Skupię się na obliczaniu kątów torsyjnych oraz wewnętrznych w cząsteczkach tworząc animację procesu izomeryzacji aminokwasu. Obliczenia chciałabym wykonać przy użyciu oprogramowań gamess, ifort, gnuplot, a wizualizację cząsteczek w programie Molden oraz gaussian. Wyniki prowadzą do pola siłowego UNRES."Usługa UNRES jest przyjazną dla użytkownika realizacją pakietu modelowania gruboziarnistego białek, opartego na polu siłowym UNRES opracowanym w wyniku współpracy grupy prof. Adama Liwo z Wydziału Chemii Uniwersytetu Gdańskiego oraz grupy prof. Harolda A. Scheragi z Cornell University, USA." [2]



[1] Noriko Fuji, D-amino Acid Biosystem, "Biological and Pharmaceutical Bulletin", Wrzesień 2005, str.1585 [tłum. własne -M.M.]

[2] https://docs.cyfronet.pl/pages/viewpage.action?pageId=20316221

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93