Logowanie do System sprawozdań KDM

Przewidywanie entalpii swobodnej oddziaływania pochodnych aromatycznych kwasów karboksylowych z cyklofiliną A

Kierownik projektu: Rajmund Kaźmierkiewicz

Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed

Gdańsk

Streszczenie projektu

Interakcja liganda z enzymem lub receptorem jest jednym z głównych zagadnień badanych podczas projektowania nowych leków. Obecny rozwój w zakresie chemii obliczeniowej pozwala na coraz dokładniejsze przewidywanie oddziaływań między ligandem a białkiem za pomocą komputerów. Jest to bardzo pomocne, gdyż wyniki symulacji pozwalają na lepsze zaplanowanie kolejnych badań laboratoryjnych czy klinicznych. Celem projektu jest zbadanie oddziaływań między cyklofiliną A a potencjalnym inhibitorem (ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate), kod w bazie PDB 3RDD. Cyklofilina A to białko odpowiedzialne za izomeryzację cis/trans reszt prolinowych w peptydzie. Proces ten jest istotny podczas indukcji wzmożonej odpowiedzi immunologicznej np. przy odrzucaniu przeszczepu. Udowodniono również, że proces izomeryzacji cis/trans reszty prolinowej pewnych białek wirusowych jest konieczny do zajścia cyklu życiowego niektórych wirusów (HCV, HIV). Inhibitory cyklofiliny A mogą więc być wykorzystywane podczas terapii mających na celu wyciszenie reakcji immunologicznej lub podczas leczenia antywirusowego. Obecnie istniejące inhibitory cyklofiliny A - pochodne cyklosporyny A i sangliferyny A posiadają wiele wad, takich jak skutki uboczne podczas stosowania, interakcje z innymi lekami, trudności produkcyjne, duży rozmiar cząsteczki. Z tego powodu ważne jest, by poszukiwać nowych inhibitorów, bardziej skutecznych i z mniejszą ilością wad. Prowadzone są w tym celu badania i są już określone pewne związki o potencjalnym znaczeniu inhibitora. W tym projekcie celem jest zbadanie oddziaływań pomiędzy cyklofiliną A a potencjalnym inhibitorem (ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate) za pomocą obliczenia entalpii swobodnej przyłączenia liganda do enzymu. Oprogramowanie używane w projekcie zawiera się w pakiecie GROMACS 5.1.2. Korzystanie z zasobów obliczeniowych CI TASK jest niezbędne z powodu stosunkowo małej mocy obliczeniowej komputerów dostępnych w pracowni komputerowej MWB. Projekt wymaga większej mocy, gdyż jest konieczne obliczenie wielu stanów energetycznych pomiędzy enzymem a inhibitorem, od układu z pełnymi oddziaływaniami aż po ich brak.

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93