Logowanie do System sprawozdań KDM

Analiza danych metabolomicznych w raku gruczołu krokowego

Kierownik projektu: Wiktoria Struck-Lewicka

Gdański Uniwersytet Medyczny

Wydział Farmaceutyczny

Gdańsk

Streszczenie projektu

Celem prowadzonych przez Wnioskodawcę badań jest przeprowadzenie kompleksowej analizy metabolomicznej obejmującej niecelową oraz celowaną analizę metabolitów z próbek moczu (n=300) oraz osocza (n=300) w celu poszukiwania zależności pomiędzy rakiem gruczołu krokowego (CaP) a obserwowanymi zmianach w zmierzonych profilach metabolicznych. Oznaczane są tzw. "metaboliczne odciski palca" (fingerprints), a w drugim etapie również stężenia wyselekcjonowanych metabolitów z zastosowaniem zaawansowanych technik analitycznych wykorzystujących technikę spektrometrii mas (HPLC-QqQ/MS, HPLC-TOF/MS, CE-TOF/MS, CE-QqQ/MS oraz GC-QqQ/MS). Uzyskane z oznaczeń zestawy danych poddane zostają analizom bioinformatycznym, dzięki którym możliwe jest wyselekcjonowanie zestawu metabolitów różnicujących pacjentów z CaP i zdrowych ochotników oraz określenie zależności między nimi a zmierzonym swoistym antygenem sterczowym (PSA). Badane są również zależności pomiędzy zaawansowaniem nowotworu a aktywnością enzymów wpływających na uzyskane poziomy metabolitów. Poprzez identyfikację oraz interpretację zmienionej aktywności enzymów wpływających na metabolom, zweryfikowany oraz zaproponowany zostanie wpływ szlaków biochemicznych i wzajemnych powiązań między nimi na  patogenezę rozwoju CaP.

Uzyskane z oznaczeń macierze danych poddane zostaną analizom chemometrycznym obejmującym etap przygotowania danych, analizę jednowymiarową (test t-Studenta, test U Manna-Whitneya) oraz wielowymiarową analizę klasyfikacyjną (PCA, CA) i predykcyjną (PLS-DA, OPLS-DA, regresja logistyczna).

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93