Logowanie do System sprawozdań KDM

Badania symulacyjne nad strukturą i dynamiką biopolimerów

Kierownik projektu: Adam Liwo

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Pracownia Modelowania Molekularnego

Gdańsk

Streszczenie projektu

Metody symulacyjne są obecnie niezbędne do zrozumienia zachowania układów molekularnych, w szczególności zawierających makrocząsteczki biologiczne. Przedmiotem niniejszego projektu jest opracowywanie narzędzi do efektywnej symulacji makrocząsteczek biologicznych w różnych skalach rozdzielczości oraz czasu oraz badania symulacyjne z użyciem zarówno tych narzędzi jak i standardowych narzędzi modelowania molekularnego. W ramach projektu opracowujemy Jednolity Model Gruboziarnisty makrocząsteczek biologicznych do symulacji białek, kwasów nukleinowych i polisacharydów. Podejście to jest oparte na opracowanym przez nas wcześniej modelu UNRES łańcuchów polipeptydowych (www.unres.pl). Komponentami modelu są UNRES (dla białek), NARES-2P (dla kwasów nukleinowych) i SUGRES-1P dla polisacharydów (ten ostatni komponent jest dopiero we wczesnej fazie rozwoju). Wszystkie trzy modele oparte są modelami bardzo uproszczonymi, zawierającymi dwa centra oddziaływań na jednostkę biopolimeru. To uproszczenie umożliwia 1000-10000-krotne przyspieszenie symulacji w porównaniu z reprezentacją pełnoatomową. Odpowiednie pola sił są oparte na fizyce oddziaływań a ich prototypy zostały zdefiniowane jako potencjały średniej siły biopolimerów w środowisku wodnym. Rozwinięcie potencjałów średniej siły na funkcje tworzące kumulantów klasterowych Kubo umożliwiło rygorystyczne wyprowadzenie wyrażeń opisujących poszczególne wkłady do efektywnej energii oddziaływań w tym wkłady wielociałowe, które są niezbędne do poprawnego opisu biopolimerów na poziomie gruboziarnistym. Ta cecha powoduje, że nasz model pomimo drastycznej redukcji liczby centrów oddziaływań jest w stanie przewidywać struktury oraz właściwości dynamiczne i termodynamiczne białek i kwasów nukleinowych oraz odróżnia go od innych modeli gruboziarnistych, które są albo modelami "neoklasycznymi", gdzie wkłady do energii importuje się z pełnoatomowych pól siłowych albo modelami statystycznymi, gdzie wkłady do energii określa się na podstawie analizy statystycznej znanych struktur. Naszym celem jest również opracowanie modelu wieloskalowego makrocząsteczek biologicznych, gdzie części układu wymagające dokładnego opisu (np. miejsca wiążące ligandy oraz same ligandy) będą traktowane na poziomie pełnoatomowym a reszta na poziomie gruboziarnistym.

Model UNRES sprawdza się dobrze w organizowanych co 2 lata ogólnoświatowych eksperymentach przewidywania struktury białek CASP (http://predictioncenter.org). Ostatnio, w celu zwiększenia siły przewidywania struktury białek, rozpoczęliśmy wprowadzanie elementów bioinformatycznych do symulacji z użyciem modelu UNRES. W ramach projektu był stosowany do badania dynamiki, kinetyki i krajobrazów energii swobodnej modelowych białek oraz rozwiązywania problemów biologicznych takich jak wiązanie białka PICK1 przez domenę BAR, dynamika bakteryjnego chaperonu DnaK oraz wiązanie białka wiążącego klastery żelazowo siarczkowe (Isu1) przez kochaperon JAC1.

Przy użyciu symulacji pełnoatomowych prowadzimy badania nad dynamiką chaperonów, receptorów hormonów neuroprzysadkowych oraz wyznaczanie struktury i badanie termodynamiki zwijania bioaktywnych peptydów i małych białek na podstawie danych magnetycznego rezonansu jądrowego i innych danych eksperymentalnych.

Publikacje

  1. Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Agnieszka Karczyńska, Christian Omieczynski, Tomasz Wirecki, Adam Liwo, A maximum-likelihood approach to force-field calibration, Journal of Chemical Information and Modeling 55, (2015) 2050-2070
  2. Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Common functionally important motions of the nucleotide-binding domain of Hsp70, Proteins : Structure, Function and Bioformatics 83, (2015) 282-299
  3. Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Molecular modeling of the binding modes of the iron-sulfur protein to the Jac1 co-chaperone from Saccharomyces cerevisiae by all-atom and coarse-grained approaches, Proteins : Structure, Function and Bioformatics 83, (2015) 1414-1426
  4. Yi He, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Optimization of a Nucleic Acids united-RESidue 2-Point model (NARES-2P) with a maximum-likelihood approach, The Journal of Chemical Physics 24, (2015) 243111
  5. Yanping Yin, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga, Physics-based potentials for coarse-grained modeling of protein- DNA interactions, Journal of Chemical Theory and Computation 11, (2015) 1792-1808
  6. Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the United Residue (UNRES) force field for protein simulations, Journal of Chemical Theory and Computation 11, (2015) 817-831
  7. Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Prediction of protein structure by template-based modeling combined with the UNRES force field, Journal of Chemical Information and Modeling 55, (2015) 1271-1281
  8. Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo, Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field, Journal of Molecular Modeling 21, (2015) 1-11
  9. Marta Wiśniewska, Emil Sobolewski, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Mariusz Makowski, Theoretical studies of interactions between O-phosphorylated and standard amino-acid side-chain models in water, The Journal of Physical Chemistry B 27, (2015) 8526-8534
  10. Gia G. Maisuradze, Jordi Medina, Khatuna Kachlishvili, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Pau Martin-Malpartida, Luka Maisuradze, Maria J. Macias, Harold A. Scheraga, Preventing fibril formation of a protein by selective mutation, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112, (2015) 13549-13554
  11. Adam K. Sieradzan, Introduction of periodic boundary conditions into UNRES force field, Journal of Computational Chemistry 36, (2015) 940-946
  12. Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo, A rigorous approach to the derivation of analytical potentials in physics-based coarse-grained force fields, : 40th National Conference on Theoretical Physics & 3rd International Workshop on Theoretical and Computational Physics Da Lat, Vietnam, 27-30 July 2015 1, (2015) 1
  13. Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Yanping Yin, Adam Liwo, Advances in UNRES force field, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  14. Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, S. R. Seidman, H. A. Scheraga, Adam Liwo, A coarse-grained simulation study of the effect of hydrodynamic interactions on protein folding, Biomolecules and Nanostructures 5 Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015 1, (2015) 1
  15. Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, A maximum-likelihood approach to force-field training for protein structure prediction and folding simulations, 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015) Warsaw, Poland, 12-15 April 2015 1, (2015) 1
  16. Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary R. Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Józef Adam Liwo, A novel method for force-field calibration based on maximum-likelihood approach and thermal unfolding data, 59th Annual Meeting of the Biophysical Society Bridging the sciences : computation and experiment 1, (2015) 1
  17. Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski, A rigorous approach to derive analytical expressions for the effective energy terms in coarse-grained force fields, 3rd International Conference on Protein and RNA Structure Prediction Punta Cana, Dominican Republic, 14-18 December 2015 1, (2015) 1
  18. Marta Wiśniewska, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of O-phosphorylated and hydrophobic amino-acid side chains in water, 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015) Warsaw, Poland, 12-15 April 2015 1, (2015) 1
  19. Agnieszka S. Karczyńska, Felipe Pineda, Adam Liwo, Assesment of the resolution of the UNRES force field with Gaussian- or Lorentzian-type structure-based restraints, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  20. Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Liwo, Assessment of the resolution of the UNRES force field with structure-based restraints, 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015) Warsaw, Poland, 12-15 April 2015 1, (2015) 1
  21. Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Adam K. Sieradzan, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Hydrodynamic interactions in coarse-grained simulations of protein folding, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  22. Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Implementation of hydrodynamic interactions in molecular dynamics simulations with the UNRES force field, 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015) Warsaw, Poland, 12-15 April 2015 1, (2015) 1
  23. Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Andrei Niadzvedtski, Adam Liwo, Investigation of proteins with sulfur to ?-carbon bonds with the example of Thurincin H using UNRES force field, Multi-Pole Approach to Structural Science Conference Warsaw, Poland, 10-13 May 2015 1, (2015) 1
  24. Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Maximum-likelihood calibration of force fields, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  25. Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Cezary Czaplewski, Performance of UNRES aided by knowledge-based information in CASP11, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  26. Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Poszukiwania analitycznych wyrażeń opisujących oddziaływania O-fosforylowanych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych z aminokwasami, 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności Gdańsk, 21-25 września 2015 1, (2015) 1
  27. Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Preliminary test of physics-based UNRES force field performance in domain packing and protein docking, Multi-Pole Approach to Structural Science Conference Warsaw, Poland, 10-13 May 2015 1, (2015) 1
  28. Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Side chain - side chain interaction potentials, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  29. Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo, Template-based modeling combined with the coarse-grained UNRES simulations, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  30. Ewa Gołaś, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Jarosław Marszałek, The ClpB disaggregase : molecular dynamics simulation of a remodelling machine, 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015) Warsaw, Poland, 12-15 April 2015 1, (2015) 1
  31. Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, The influence of parameters controlling thermostats on the folding of proteins using UNRES force field, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  32. Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Thermal unfolding of miniproteins : an NMR study, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  33. Dawid Jagieła, Krzysztof Smalara, Adam Sieradzan, Emilia Lubecka, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, UNRESPACK : a package for coarse-grained simulations of proteins : development and implementation, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  34. Felipe Pineda, Adam Liwo, Use of information from template-based modeling in the prediction of protein structure with the UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics, The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches Seoul, Korea, 24-28 May 2015 1, (2015) 1
  35. Adam K. Sieradzan, Shielding effect in protein folding, 3rd International Conference on Protein and RNA Structure Prediction Punta Cana, Dominican Republic, 14-18 December 2015 1, (2015) 1
  36. M. Mozolewska, P. Krupa, B. Zaborowski, A. Liwo, J. Lee, K. Joo, C. Czaplewski, Use of restraints from consensus fragments of multiple server models to enhance protein-structure prediction capability of the UNRES force field., Journal of Chemical Information and Modeling 56, (2016) 2263-2279
  37. A.G. Lipska, S.R. Seidman, A.K. Sieradzan, A. Giełdoń, A. Liwo, H.A. Scheraga, Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction, Journal of Chemical Physics 144, (2016) 184110
  38. P. Krupa, M.A. Mozolewska, M. Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, A.K. Sieradzan, R. Ganzynkowicz, A.G. Lipska, A. Karczyńska, M. Ślusarz, R. Ślusarz, A. Giełdoń, C. Czaplewski, D. Jagieła, B. Zaborowski, H.A. Scheraga, A. Liwo., Performance of protein-structure prediction with the physics-based. UNRES force field in CASP11, Bioinformatics 32, (2016) 3270-3278
  39. E.A. Lubecka, E. Sikorska, D. Sobolewski, A. Prahl, J. Slaninová, J. Ciarkowski., Potent antidiuretic agonists, deamino-vasopressin and desmopressin, and their /inverso/ analogs : NMR structure and interactions with micellar and liposomic models of cell membrane., Biopolymers 106, (2016) 245-258
  40. G.G. Maisuradze, J. Medina, K. Kachlishvili, P. Krupa, M.A. Mozolewska, P. Martin-Malpartida, L. Maisuradze, M.J. Macias, H.A. Scheraga, Preventing fibril formation of a protein by selective mutation, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112, (2016) 13549-13554
  41. Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee, Chemoinformatics methods for studying biomolecules, Handbook of computational chemistry 1, (2016) 1-7
  42. Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski, Józef Adam Liwo, A rigorous approach to derive analytical expressions in coarse-grained force fields, 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society Los Angeles, USA, 27 February - 2 March 2016; BIOPHYSICAL JOURNAL Volume: 110 Issue: 3 Supplement: 1 Pages: 329A-329A Meeting Abstract: 1621-Pos 110, (2016) 329A
  43. Y. He, Adam Liwo, S. Rackovsky, H. A. Scheraga, Correlations of the structure - dynamics - function of structurally homologous CheY-like proteins, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  44. Robert Ganzynkowicz, Maciej Maciejczyk, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Determination of backbone-local potentials for the coarse-grained NARES-2P model of nucleic acids, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  45. Wioletta Żmudzińska, Anna Hałabis, Aleksandra Lewandowska, Maciej Baranowski, Marcel Thiel, Agnieszka Lewandowska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Foldons, protein folding nucleation sites, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  46. Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Bartosz Gryta, Michał Głuski, How do the local and long-range interactions encode the three-dimensional structures of biological macromolecules: a coarse-grained perspective, 6th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology Warsaw, Poland, 19-21 June 2016 1, (2016) 1
  47. Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam Liwo, Harold Scheraga, Mechanism of Fe/S cluster transfer, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  48. Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction, Second Polish-Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and experimental approaches/ LeĽno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  49. Emilia A. Lubecka, Adam Liwo, New UNRES package with Fortran 90, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  50. Robert Ganzynkowicz, Angelika Głębocka, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Potencjał oddziaływań pomiędzy O-fosforylowaną tyrozyną a modelami polarnych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie, 59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Poznań, 19-23 września 2016 1, (2016) 1
  51. Mariusz Makowski, Angelika Głębocka, Robert Ganzynkowicz, Adam Liwo, Potencjał opisujący oddziaływania pomiędzy O-fosforylowannymi aminokwasami z modelami hydrofobowych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie, 59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Poznań, 19-23 września 2016 1, (2016) 1
  52. Emilia A. Lubecka, Adam Liwo, Potential of Mean Force surfaces of model glucosyl disaccharide systems, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  53. Agnieszka G. Lipska, M. D. Wiśniewska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, S. Ovchinnikov, D. Baker, S. N. Crivelli, Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by contact- and secondary-structure prediction derived from evolutionarily related proteins, Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12) Gaeta, Italy, 10-13 December 2016 1, (2016) 1
  54. Agnieszka G. Lipska, P. Krupa, M. A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, C. Kieslich, M. Onel, U. Shah, Y. He, Y. Yin, Łukasz Golon, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, C. A. Floudas, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli, Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by secondary-structure and contact prediction, Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by secondary-structure and contact prediction Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12) Gaeta, Italy, 10-13 December 2016 1, (2016) 1
  55. Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Krzysztof Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski, Protein structure prediction with the UNRES force field aided by knowledge-based information, Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12) Gaeta, Italy, 10-13 December 2016 1, (2016) 1
  56. Tomasz Wirecki, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Retrieving the kinetic information from MREMD and MREHMC simulation, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  57. Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Sieradzan, Adam Liwo, Harold Scheraga, Role of disulfide bonds on folding and structures of proteins, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  58. Robert Ganzynkowicz, Angelika Głębocka, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Simple analytical formulas for the potentials of mean force of interactions between O-phosphorylated and hydrphobic amino-acid side-chain models in water, Second Polish-Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and experimental approaches/ Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  59. Agnieszka Karczyńska, Artur Giełdoń, Paweł Krupa, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, The all-atom refinement of protein structures generated with the coarse-grained UNRES force field, Modeling & Design of Molecular Materials 2016 Trzebnica, Poland, 26-30 June 2016 1, (2016) 1
  60. Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski, The unified coarse-grained model for large-scale simulations of biological macromolecules, 16th KIAS Conference on Protein Structure and Function Seoul, Korea, 22-24 September 2016 1, (2016) 1
  61. Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Felipe Pineda, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Use of Lorentzian and Gaussian restraint functions in molecular dynamics simulations, Second Polish - Korean Conference on /Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches/ LeĽno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016 1, (2016) 1
  62. P. Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Robert Ganzynkowicz, M. D. Wiśniewska, M. A. Mozolewska, Michał Głuski, Łukasz Golon, Y. He, Adam K. Sieradzan, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, H. A. Scheraga, Adam Liwo., Use of UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures, Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12) Gaeta, Italy, 10-13 December 2016 1, (2016) 1

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93