Logowanie do System sprawozdań KDM

Modelowanie zależności pomiędzy strukturą i retencją chromatograficzną związków dysocjujących

Kierownik projektu: Łukasz Kubik

Gdański Uniwersytet Medyczny

-

Gdańsk

Streszczenie projektu

Retencja chromatograficzna oraz właściwości farmakokinetyczne związku chemicznego, takie jak zdolność przenikania przez błony biologiczne, stopień wiązania się z białkami osocza, wchłanianie, dystrybucja, metabolizm i wydalanie, powiązane są bezpośrednio z jego właściwościami fizykochemicznymi, takimi jak stała dysocjacji (pK a ) oraz współczynnik podziału (log P). Szybkie eksperymentalne i obliczeniowe metody wyznaczania parametrów fizykochemicznych są szczególnie ważne we wczesnych etapach poszukiwania nowych środków leczniczych, gdyż pozwalają odrzucić te substancje, które nie maja odpowiednich właściwości farmakokinetycznych i tym samym obniżyć czasokres i koszty procedury badawczo-rozwojowej. Do tej pory badania dotyczące QSRR (Quantitative Structure Retention Relationships - Ilościowe zależności struktura-retencja) nie uwzględniały procesu dysocjacji analitów. Jednak większość stosowanych obecnie leków należy do związków dysocjujących. Dlatego ważne jest opracowanie modeli matematycznych, które na podstawie struktury chemicznej opisywałyby retencje poszczególnych form analitu. Uzyskane uniwersalne modele niewątpliwie wspomogłyby badania przesiewowe oraz pozwoliły na częściowe usprawnienie procedury wprowadzania nowych leków do obrotu farmaceutycznego. Głównym celem pracy będzie opracowanie matematycznego modelu opisującego zależność pomiędzy strukturą chemiczną związków dysocjujących i ich retencją mierzoną przy użyciu RP HPLC (Reversed Phase High Performance Liquid Chromatography - Wysokosprawna chromatografia cieczowa w układzie faz odwróconych).

W celu stworzenia modelu, który wiązałby deskryptory struktury z retencją chromatograficzną związków dysocjujących, niezbędne jest posłużenie się narzędziami modelowania molekularnego. Swoją prośbę o grant CI TASK motywuję potrzebą wykorzystania oprogramowania CI TASK w celu optymalizacji dużej liczby wykorzystywanych cząsteczek chemicznych. W celu dokonania obliczeń, na wysokim poziomie, dla wielu związków, niezbędne jest posłużenie się komputerami dużej mocy. Molekuły o zoptymalizowanej geometrii posłużą do dokładnego wyliczenia deskryptorów struktury, które zostaną wykorzystane do stworzenia modelu.

Publikacje

  1. P. Wiczling, Ł. Kubik, R. Kaliszan, Maximum A Posteriori Bayesian Estimation of Chromatographic Parameters by Limited Number of Experiments, Analytical Chemistry 87, (2015) 7241-7249
  2. Ł. Kubik, P. Wiczling, M.J. Markuszewski, T. Bączek, E. Daghir-Wojtkowiak, R. Kaliszan, Quantitative Structure-Retention Relationships in Medicinal Chemistry and Laboratory Medicine, Conferentia Chemometrica 2015 - Budapeszt, Węgry -, (2015) -
  3. Łukasz Kubik, Modelowanie zależności pomiędzy strukturą i retencją chromotograficzną związków dysocjujących, Gdański Uniwersytet Medyczny n.d., (2016) n.d.
  4. Łukasz Kubik, Wiktoria Struck-Lewicka, Roman Kaliszan, Paweł Wiczling, RP HPLC-ESI-TOF/MS data supports development of general quantitative structure-retention relationships, 44th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques n.d., (2016) n.d.
  5. Łukasz Kubik, Wiktoria Struck-Lewicka, Roman Kaliszan, Paweł Wiczling, Quantitative structure-retention relationships for dissociating compounds aided by mass spectrometry, ISC 2016 : 31st International Symposium on Chromatography n.d., (2016) n.d.
  6. Łukasz Kubik, Paweł Wiczling, Quantitative structure-(chromatographic) retention relationship models for dissociating compounds, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis 127, (2016) 176-183
  7. Łukasz Kubik, Paweł Wiczling, Wyznaczanie uniwersalnych, ilościowych zależności struktura-retencja chromatograficzna (QSRR) z wykorzystaniem RP HPLC, XXIV Konferencja Naukowa Wydziału Farmaceutycznego z OML Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego n.d., (2016) n.d.

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93