Logowanie do System sprawozdań KDM

Projektowanie i parametryzacja potencjałów oddziaływań O-fosforylowanych reszt aminokwasowych z łańcuchami bocznymi reszt aminokwasowych w wodzie z zastosowaniem do gruboziarnistych pól siłowych

Kierownik projektu: Mariusz Makowski

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Streszczenie projektu

Fosforylacja białek jest najczęstszą post-translacyjną modyfikacją. W komórce eukariotycznej procesowi temu ulega jedna trzecia białek kodowanych przez geny, co daje liczbę ponad 14 tysięcy ufosforylowanych białek w organizmie ludzkim. Proces ten jest zjawiskiem odwracalnym, regulowanym przez enzymy, z grupy kinaz (biorących udział w O-fosforylacji, czyli przenoszeniu reszty fosforanowej z ATP lub pochodnej ATP na dany aminokwas hydroksylowy, taki jak seryna, treonina lub tyrozyna w łańcuchu bocznym białka) oraz fosfataz (odpowiedzialnych za proces odwrotny do fosforylacji). Ogółem, modyfikacja białek w 90% dotyczy seryny, ~10% treoniny oraz ~0,05% tyrozyny. Fosforylacja odgrywa istotna rolę w kontroli aktywności enzymów. Przyłączenie dwuujemnej grupy fosforanowej, powoduje zmianę w konformacji danego aminokwasu, co w konsekwencji wpływa na strukturę drugorzędową białka. Ze względu na znaczący wpływ ufosforylowanych reszt łańcuchów bocznych w procesie zwijania się białka, badania dotyczące oddziaływań O-fosforylowanych reszt z łańcuchami bocznymi reszt aminokwasowych, wydają się być konieczne w celu ulepszenia teoretycznych modeli w przewidywaniu struktury peptydów oraz białek o znaczeniu biologicznym.



W ramach grantu obliczeniowego zrealizowane zostaną następujące zadania badawcze:

1. Wyznaczenie potencjałów średniej siły zależnych od orientacji dla modeli oddziałujących O-fosforylowanych aminokwasów (seryna, treonina, tyrozyna) łańcucha bocznego z 20 aminokwasami naturalnie występującymi w przyrodzie, na podstawie symulacji dynamiki molekularnej w wodzie metodą ważonych histogramów.

2. Dopasowanie proponowanej funkcji analitycznej do krzywych PMF opracowanych w punkcie 1 przy użyciu metody najmniejszych kwadratów.

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93