Logowanie do System sprawozdań KDM

Badanie metodami modelowania molekularnego oddziaływania wybranych antybiotyków z fragmentami ścian komórkowych bakterii

Kierownik projektu: Rafał Ślusarz

Uniwersytet Gdański

Wydział Chemii

Gdańsk

Streszczenie projektu

W projekcie tym, posługując się standardowymi technikami modelowania molekularnego staramy się zweryfikować najlepsze dopasowanie fragmentu peptydoglikanu (pentapeptydu) tworzącego C-koniec rozbudowywanej ściany komórkowej bakterii Gram-dodatnich do skutecznych do tej pory antybiotyków, co mogłoby być pomocne w zaprojektowaniu nowych leków skutecznych wobec Gram-dodatnich bakterii, na przykład analogów wankomycyny, skutecznych w walce z nowymi szczepami wankomycynoopornych bakterii.

Wyniki dotychczasowych symulacji dowodzą, że zmodyfikowane fragmenty peptydoglikanu (reprezentanta ściany komórkowej) wiążą się z wankomycyną w inny sposób, niż w przypadku peptydoglikanu natywnego. Rodzaj i siła tego oddziaływania pozwala na zaproponowanie modyfikacji wankomycyny niezbędnych do uzyskania antybiotyku skutecznego wobec tych nowych szczepów bakterii.

Publikacje

  1. Rafał Ślusarz, Magdalena J. Ślusarz, Janusz Madaj, Molecular modeling of interactions between vancomycin and representative peptidoglycan fragment, Chem Med Chem , (2008)
  2. Rafał Ślusarz, Magdalena J. Ślusarz, Molecular modeling of interactions between vancomycin and representative peptidoglycan fragment, 19. Polish Peptide Symposium , (2007) p. 129
  3. Rafał Ślusarz, Magdalena J. Ślusarz, Janusz Madaj, Molecular dynamics of vancomycin and representative peptidoglycan fragment, Modeling and Design of Molecular Materials 2008 , (2008)
  4. Rafał Ślusarz, Konstrukcja ściany komórkowej bakterii Gram-dodatnich. Model periodyczny., Seminarium wydziałowe , (2009)
  5. Rafał Ślusarz, Magdalena J. Ślusarz, Janusz Madaj, Molecular modeling of interactions between vancomycin and representative peptidoglycan fragment, QSAR & CS , (2010)
  6. R. Ślusarz, M.J. Ślusarz, J. Samaszko, J. Madaj, Conformational changes of peptidoglycan fragments during their interactions with vancomycin, Central European Journal of Chemistry 9, (2011) 422-431
  7. Justyna Samaszko-Fiertek, Monika Szulc, Rafał Ślusarz, Janusz Madaj, Synthesis of new vancomycin aglycon derivatives, 5th Baltic Meeting on Microbial Carbohydrates, Suzdal poster, (2012) P14
  8. Janusz Madaj, Justyna Samaszko-Fiertek, Monika Szulc, Rafał Ślusarz, Conformational study of vancomycin analogs, 17th European Carbohydrate Symposium - EuroCarb17 P40, (2013) poster session
  9. Rafał Ślusarz, Monika Szulc, Janusz Madaj, Construction, molecular dynamics and structural analysis of the bacterial cell wall peptidoglycan layer models, 17th European Carbohydrate Symposium - EuroCarb17 P42, (2013) poster session
  10. Monika Szulc, Justyna Samaszko-Fiertek, Rafał Ślusarz, Janusz Madaj, Synthesis and characterization of aminoalditol derivatives of vancomycin, 17th European Carbohydrate Symposium - EuroCarb17 P67, (2013) poster session
  11. Rafał Ślusarz, Molecular dynamics study of conformational freedom of vancomycin, oritavancin and telavancin, 17th European Carbohydrate Symposium - EuroCarb17 S-03, (2013) oral pres.
  12. Rafał Ślusarz , Monika Szulc, Justyna Samaszko-Fiertek, Magdalena J. Ślusarz, Janusz Madaj, Molecular dynamics and analysis of interactions between two muramyl pentapeptide derivatives and the vancomycin or vancomycin derivatives (poster P39), The 6th Baltic Meeting on Microbial Carbohydrates Gdańsk, (2014) 7-10 IX
  13. Rafał Ślusarz, Monika Szulc, Janusz Madaj, Molecular modeling of Gram-positive bacteria peptidoglycan layer, selected glycopeptide antibiotics and vancomycin derivatives modified with sugar moieties, Carbohydrate Research 389, (2014) 154-164
  14. Barbara Dmochowska, Klaudia Korzeniecka, Janusz Madaj, Rafał Ślusarz*, Dynamika molekularna analogów wankomycyny w kompleksie z C-końcowym pentapeptydem peptydoglikanu ściany komórkowej bakterii Gram-dodatnich, 58. Zjazd Naukowy PTChem s09, (2015) poster
  15. Justyna Samaszko-Fiertek, Rafał Ślusarz, Janusz Madaj , Badania oddziaływania wankomycyny z fragmentem peptydoglikanu ściany komórkowej bakterii , Wiadomości Chemiczne (69) 7-8, (2015) 491-511
  16. Klaudia Korzeniecka, Teoretyczne badanie oddziaływań pochodnych wankomycyny podstawionych cyklicznymi i łańcuchowymi monosacharydami ze ścianą komórki bakteryjnej, Wydział Chemii UG ., (2015) .
  17. Rafał Ślusarz, Illia Serdiuk, Milena Reszka, Alexander Roshal, Janusz Madaj, Beata Liberek, Conformational flexibility and bound states of selected flavonols, Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches 28.05-01.06.2016, (2016) Gdańsk, poster

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93