Korzystanie z aplikacji

Aplikacje naukowe i narzędziowe a także niektóre aplikacje systemowe są instalowana w katalogu /apl. Karawela i holk mają wspólny katalog /apl (fizycznie zlokalizowany na karaweli) natomiast fregata ma swój odrębny katalog z aplikacjami.

Aplikacje narzędziowe takie jak kompilatory Intela, biblioteki, są dostępne bezpośredni bez konieczności ustawiania ścieżek

Niektóre aplikacje naukowe jak np. Gaussian wymagają skomplikowanych ustawień środowiska dlatego nie są domyślnie dostępne. Jedak dla każdej takie aplikacji został przygotowany skrypt ustawiający środowisko pozwalające korzystać z aplikacji. Skrypt znajduje się w katalogu instalacji danej aplikacji i zazwyczaj ma nazwę w postaci aplikacja.sh ( dla tcsh aplikacja.csh) Aby móc korzystać z aplikacji należy 'wyźródłować' skrypt czyli wydać polecenie

dla powłoki bash

source /apl/aplikacja/aplikacja.sh

dla powłoki tcsh

source /apl/aplikacja/aplikacja.csh

Można to zrobić jednorazowo przed rozpoczęciem korzystania z aplikacji. Przy częstym korzystaniu z danej aplikacji warto dodać powyższe wywołanie do skryptu inicjującego powłoki .bashrc (dla tcsh .tcshrc) w katalogu domowym. Można to zrobić dowolnym edytorem tekstowym.

Skrypt zazwyczaj ustawia ścieżkę dostępu do plików wykonywalnych aplikacji oraz niezbędne zmienne środowiskowe, np: lokalizację pliku licencyjnego.

Pamięć operacyjna

Nody Holka posiadają po 16 GB pamięci operacyjnej. Galeon (Altix) posiada 512 GB pamięci operacyjnej. Nody Galery posiadają po 8, 16 lub 32 GB pamięci

Niektóre programy obliczenie pozwalają w plikach wejściowych określić maksymalny rozmiar alokowanej pamięci operacyjnej. Należy zwrócić uwagę na jednostki w jakich podaje się wielkość pamięci. Często są to "słowa" ('words') potrzebne do zapisania liczby zmiennoprzecinkowej. Rozmiar takiego słowa to 8 bajtów.

W przypadku programów równoległych należy też zwrócić uwagę czy program alokuje podaną pamięć dla pojedynczego procesu czy dzieli podaną wielkość przez liczbę procesów.

Molpro używa słów 8 bajtowych i alokuje podaną pamięć dla pojedynczego procesu.

Quota

Quota czyli inaczej limity dyskowe jest to system pozwalający kontrolować ilość miejsca na dysku zajmowanego przez poszczególnych użytkowników. Polega na ustanowieniu górnych limitów zajmowanego miejsca. Głównym celem stosowania limitów jest zapobieganie przepełnianiu dysku przez pojedynczych użytkowników mających skłonności do składowania wielkiej ilości danych.

Użytkownik może sprawdzić stan swojej quoty poleceniem:

quota -v

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej
ul. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdańsk   |   tel. 58-347-24-11
email: office@task.gda.pl   |   NIP: 584-020-35-93